Отчаявшееся местное начальство пожаловалось в Москву, и 13 сентября председатель РВС Республики Л. Д. Троцкий снял Полупанова с должности. Новым командующим флотилией назначается П. Смирнов. Известно, что, передавая должность сменщику, обиженный Полупанов заявил: «Полупанов отдает концы, но полупановцы остаются…» На что Смирнов якобы ответил: «Не беспокойся, они уйдут вслед за тобой…»
Осмотревшись, Смирнов доложил в Москву: «Личный состав продолжает быть разнородным, партизански настроенным. Политическая работа велась слабо. Процент коммунистов был незначителен. Флотилия жила махновскими идеями и многие, побывав у Махно, не прочь были попасть к нему снова…» Смирнов был человеком Троцкого, поэтому первым делом назвал в честь патрона свой штабной пароход.
В начале 1920 года флотилия направила двести матросов под командой матроса Мягкого против банд атамана Илько Струка (бывшего матроса с императорской яхты «Штандарт»). Разумеется, что И. Струк также имел свою флотилию, правда, не на Днепре, а на Припяти. Действовал Струк с размахом, громил и белых, и красных, устраивал еврейские погромы и даже временно захватывал Киев.
Матросы Мягкого дрались храбро и разгромили несколько гарнизонов струковцев. Однако, занимая городки и села, они тут же принимались сами грабить население. Особенно оттянулись матросы в Калинковичах и Мозыре. Местное население бросилось жаловаться командованию, но связываться с матросами никто так и не решился.
А вскоре произошел знаменитый Лоевский прорыв – ставший главным подвигом Днепровской флотилии.12-я армия начала наступление на занятый белополяками Киев и флотилии была поставлена задача – обеспечить переправу через Днепр. Однако выход из реки Сожа был блокирован польскими батареями у Лоева. Ночью 2 июня 1920 года дивизион канонерских лодок под командованием М. Г. Степанова двинулся к Лоеву. Канонеркам необходимо было с ювелирной точностью пройти фарватер, наполовину заваленный остатками взорванного моста.
Поляки обнаружили канонерки и обрушили на них ураганный огонь своих батарей. Потеряв две канлодки, дивизион все же прорвался в Днепр и выполнил задачу. Лоевский прорыв был высоко оценен в Москве, и несколько матросов получили ордена Красного Знамени.
После взятия Киева, Южный отряд флотилии был отправлен под Кременчуг воевать с Махно и петлюровскими атаманами Живодеровым, Черным и Келебердой, а Северный отряд остался в Гомеле. Несмотря на все меры по наведению дисциплины, днепровцы по-прежнему бесчинствовали и грабили местное население.
Едва надобность в моряках исчезла, как 22 декабря 1920 года Л. Д. Троцкий издал приказ о сокращении беспокойной флотилии до канонерской лодки, пять сторожевых судов и пять катеров. Одновременно началась и массовая демобилизация матросов. Это сразу накалило обстановку, так как привыкшие к разгульной жизни военморы не горели желанием возвращаться в свои голодные деревни. Кроме этого, матросы, как и большинство населения России, были недовольны чрезвычайными мерами «военного коммунизма». Именно тогда в Гомеле и была создана тайная матросская организация. Среди матросов Днепровской флотилии, как и среди многих красноармейцев, в те дни были широко распространены ожидания того, что после окончания Гражданской войны, когда минует угроза реставрации, правящая партия коммунистов-большевиков немедленно пойдет на отмену продразверстки, восстановление свободы выборов и полновластия Советов, легализацию социалистических партий и организаций и т. д. Пока же шла борьба с силами социальной реакции, необходимо было сохранять во что бы то ни стало единый революционный фронт. По мере того как Гражданская война близилась к победному завершению, брожение в Красной армии и в особенности среди всегда более радикально настроенных революционных матросов по поводу перегибов коммунистической власти усиливалось. 8 декабря 1920 года, выступая на заседании Гомельского губкома РКП(б), его секретарь сообщил об усилившейся в губернии агитации критиков большевизма «слева». Один из участников заседания, Романовский, возмущался, упрекая губчека в том, что губком сообщает раньше ЧК о нахождении анархистов среди матросов-днепровцев.
Вскоре и чекистам стало известно о матросском заговоре и о том, что мятеж намечен на самое ближайшее время. Из Киева в Гомель на гоночном автомобиле срочно выехал начальник Особого отдела флотилии Г. Хоменок и член Особого отдела и Следственной комиссии Т. Стасюк с группой чекистов контрразведчики. Чтобы избежать нападения банд, которыми кишели окрестные леса, автомобиль мчался на максимальной скорости.