Подъемно маршевый турбореактивный двигатель — Р27В-300 — используется на всех режимах полета. Эта силовая установка конструкции КБ С.К.Туманского имеет одиннадцатиступенчатый компрессор, кольцевую камеру сгорания и двухступенчатую турбину. Сопло двигателя снабжено двумя поворотными насадками, которые приводятся в движение гидромоторами. Воздухозаборники ПМД однорежимные, расположены по бокам фюзеляжа за кабиной пилота. Система запуска дви гателя электрическая.
Подъемные двигатели КБ П.А.Колесова — РД36-35ФВ — используются только на вертикальных и переходных режимах полета. Расположены они тандем за кабиной пилота. Продольные оси двигателей наклонены вперед на 10° от вертикали. Причем сопло переднего ПД развернуто назад на 15°, а сопло заднего — на 15° вперед, против полета. РД36-35ФВ имеет шестиступенчатый компрессор, кольцевую камеру сгорания, одноступенчатую турбину и нерегулируемое реактивное сопло. Взлетная тяга каждого ПД составляет 2900 кг, ресурс — 670 циклов, масса — 199 кг. Воздухозаборник ПД расположен в верхней части фюзеляжа и при неработающих двигателях закрывается створкой. Имеются также две створки для выхода газов в нижней части фюзеляжа.
Открытие створок отсека и запуск ПД производится рычагом «стоп запуск» в кабине летчика. Для раскрутки двигателей при запуске используется воздух, поступающий от компрессора ПМД в случае, если его поворотные насадки расположены горизонтально. ПД выходят на режим малого газа, а после того, как реактивное сопло ПМД устанавливается в соответствии с режимом работы ПМД и положением ручки управления самолетом, управление всеми двигателями производится одним РУД ПМД с автоматическим управлением тягой двигателей при отклонении органов управления по тангажу, дополняя систему реактивного управления на вертикальных и переходных режимах полета.
Система управления тягой двигателей на самолете Як-36М имеет особенности — в процессе разгона (при вертикальном взлете) перекладка поворотных насадок ПМД производится ступенями с фиксацией на 25° и 45° от вертикали с электрической блокировкой. Разблокировка насадок для их перекладки производится летчиком с помощью переключателя в кабине по мере разгона самолета. При перекладке насадок сопла ПМД тяга ПД с целью сохранения продольной балансировки поддерживается автоматически.
Управление самолетом на вертикальных и переходных режимах осуществляется струйными рулями и вариацией тяги двигателей. Эти задачи решаются дублированной системой автоматического управления САУ-36.
В каналах управления самолетом по тангажу и крену установлены рулевые агрегаты и необратимые гидроусилители. Управление рулем направления безбустерное.
На самолете две гидравлические системы — основная бустерная и система силовых цилиндров. Последняя одновременно является дублирующей для основной. В качестве рабочей жидкости в первой системе используется масло АМГ-10. а во второй — керосин от топливной системы ПМД. При полном отказе гидросистем возможен полет в безбустерном режиме.
Топливо (Т-1, ТС-1, Т-2, РТ) — 2750 кг — размещается в двух фюзеляжных баках-отсеках и вырабатывает ся в автоматическом или ручном режимах. Для питания ПМД на вертикальных режимах, связанных с отрицательными перегрузками, используются два топливных аккумулятора. Заправка самолета топливом — закрытая под давлением. На самолетах Як-38М предусмотрена подвеска под крылом двух сбрасываемых топливных баков емкостью по 400 кг.
Кабина летчика обеспечена необходимыми средствами жизнеобеспечения, в том числе и специально приспособленным для самолета Як-36М комплексом средств аварийного покидания. Он включает катапультную установку, электрическую систему автоматического катапультирования СК-ЭМ, систему отделения откидной части фонаря и механизм сброса левой руки летчика с РУД. На первых десяти машинах устанавливались катапультные кресла КЯ-1М, затем стали ставить унифицированные кресла К 36В.
Система СК-ЭМ используется только на вертикальных и переходных режимах. Она обрабатывает информацию об углах и угловой скорости тангажа и крена самолета, поступающую от различных датчиков и в случае достижения определенных критических параметров выдает электрический сигнал на автоматическое катапультирование. Система отключается, если угол сопел ПМД превышает 67° (от вертикали).
Система спасения на самолете имеет некоторые присущие только Як-36М особенности. Так при обычных условиях для срабатывания катапульты необходимо, чтобы верхняя створка ПД была закрыта. Только в этом случае фонарь будет сброшен. В остальных случаях катапультирование производится непосредственно через остекление фонаря толщиной 8 мм.
К средствам спасения относится также парашют с индивидуальным прибором спасения, объединенный разъем коммуникаций, высотный морской спасательный костюм (ВМСК-4) обеспечивающий спасение на воде и возможность аварийного покидания самолета, погружающегося в воду.