4 июля лицами из «команды Арайса» и вспомогательной полиции на глазах у зевак были сожжены рижские синагоги вместе с согнанными и запертыми в них евреями. Среди сожженных в Большой хоральной синагоге было много беженцев из Литвы, в том числе дети. В ходе этого «погрома», согласно позднейшему отчету Шталекера,
Первая массовая казнь в Риге произошла, как полагают историки, 3 июля, когда в Бикерниекском лесу были убиты около 100 евреев (см., например: Смирин, 2005: 354). Этот лесной массив был одним из крупнейших мест уничтожения евреев города. Расстрелы в Бикерниекском лесу проводила главным образом «команда Арайса», а на первых порах «уроки ремесла» арайсовцам преподал один из взводов немецкого 9-го резервного полицейского батальона (потом уже подручные Арайса проводили «мастер-классы» с провинциальными отрядами «самоохраны»). 6–7 июля там были расстреляны 2000 человек. В июле в этом месте произошло около десяти массовых убийств, то есть не менее двух в неделю. Только в первые две недели оккупации были убиты 2300 евреев. Расстрелы продолжались и весь август. В июле – августе в Риге расстреливали только мужчин, в отличие от малых городов Латвии, где уничтожали сразу целые семьи. В начальный период убийств среди жертв были также неевреи, проявившие симпатию к советской власти или заподозренные в ней. В сентябре количество убийств в Бикерниекском лесу уменьшилось, а в октябре они на время прекратились. В целом в этих акциях были убиты около 4000 евреев и около 1000 человек других национальностей.
В ночи убийств (акции начинались около часу пополуночи) часть «команды Арайса» направлялась в Бикерниекский лес, а часть – на грузовиках или автобусах в Центральную тюрьму, чтобы забрать жертвы. Ямы в Бикерниекском лесу обычно рыли советские военнопленные. Группа арайсовцев разделялась на три части: до 25 стрелков, 30–40 охранников и 10–15 возниц. Вокруг всей территории расставлялась охрана, которая не позволяла посторонним приближаться к месту убийства, а евреев удерживала от побега. В зависимости от числа жертв акцию обычно проводила группа, состоявшая приблизительно из 20 человек. Жертв подгоняли к яме группами по 10 человек. В каждую жертву стреляли двое: 10 убийц стреляли с колена и целились в спину, а 10 – стоя и целились в голову. От удара пули жертвы падали в яму. На краю каждой ямы стоял охранник с автоматом, высматривавший потенциальных укрывавшихся. Двое из группы стрелков проверяли, живы ли еще жертвы. Те, кто не был убит сразу, получал «выстрел милосердия», для чего стрелок подходил к самому краю ямы, а если требовалось, то и спрыгивал в нее. Конвейерная система расстрелов позволяла 40–60 лицам как охранять, так и расстреливать, и за три часа они могли убить до 200 человек. Обычно за одну акцию в Бикерниекском лесу убивали 200–400 человек, а в некоторых случаях – даже 1000. До октября в Риге и окрестностях были убиты 6378 человек – евреев и коммунистов (IMT 1949. XXXVII: 702).
В провинции первые приказы, направленные против евреев, исходили от вермахта. В дальнейшем по указанию военных комендантов соответствующие распоряжения издавали начальники полиции, начальники «сил самоохраны», а также городские управы.