Иннагурация в президенты Джона Адамса принесло американцам создание Морского министерства и назначение в 1798 году первого морского министра Бенджамина Стоддерта (Benjamin Stoddert), который уже на следующий год представил в Конгресс программу строительства флота из двенадцати 74-пушечных линкоров, такого же количества фрегатов и 30 шлюпов. Конгресс благосклонно отнесся к этой инициативе и выделил деньги аж… на 6 (шесть) шлюпов! Обескураженный министр, пережив этот удар, не сдался. Началось создание инфраструктуры — доков, стапелей, верфей. На западном побережье было заложено шесть верфей — будущих центров кораблестроения. Стоддерт умудрился даже заготовить материал для строительства линкоров, резонно полагая, что без них усиления флота не добиться. Но его мечтам не суждено было сбыться — следующий президент Т. Джефферсон (тоже из отцов-основателей) оказался пацифистом и ярым противником «больших форм». В его президентство флот пополнился несколькими десятками небольших кораблей, неопределенного класса и с минимальной боевой ценностью. Ни о каких линейных кораблях не могло быть и речи.
Гром для Америки грянул в Европе. Эпоха Наполеоновских войн нанесла сильнейший удар по морской торговле Соединенных Штатов британской блокадой побережья Франции и ответными мерами вассалов Наполеона (Швеция, Италия, Испания, Голландия). Английский флот перехватывал американских «торговцев», арестовывая груз и корабли, а часто — и экипаж, принуждая вербоваться его на свои корабли. К 1807 г. британский военно-морской флот насчитывал более 700 кораблей, на которых несли службу около 150 тыс. человек личного состава. Эта колоссальная сила обеспечивала безопасность Англии, охраняла ее торговлю и морские пути в колонии. Но обращение с матросами было таким жестоким, что набирать экипажи судов из добровольцев не представлялось возможным. Служба на Королевском Флоте была тяжелой, рекрутов приходилось вылавливать по кабакам и большим дорогам, и они при первой возможности старались «поменять» свой корабль, направляющийся в очередной Трафальгар или Абукир, на торговое американское судно. Благо язык и вера позволяли… Зная это, офицеры британского флота считали себя вправе обыскивать корабли США и снимать с них «британских подданных», что сильно оскорбляло американцев. Кстати, «попутно» британские офицеры «вербовали» зачастую и команду американского корабля. Методы убеждения, как мы понимаем, были соответствующие…
Вступив в 1805 г. во второй срок президентства, Джефферсон провозгласил нейтралитет США в войне между Англией и Францией. Хотя каждая из воюющих сторон стремилась ограничить доступ нейтральных судов в порты противника, господство Британии на море делало принимаемые ею меры гораздо более действенными, чем любые шаги наполеоновской Франции.
В 1806 году Джефферсон направил в Лондон посла по особым делам, который вернулся с таким ничего не говорящим проектом договора, что Джефферсон даже не решился предоставить его Сенату для ратификации. Британская корона просто не воспринимала всерьез вчерашнюю колонию, тем более — не имеющую военно-морского флота. Когда Джефферсон издал прокламацию с требованием к капитанам британских кораблей покинуть американские территориальные воды, они лишь расширили насильственную вербовку. Джефферсон был вынужден признать свое бессилие и бессилие всех американцев, мечтающих об автаркии (независимости от импорта) и свободной мировой торговле. Отчаявшись, Джефферсон предложил Конгрессу тотальный запрет на ввоз и вывоз на море и на суше, который, несмотря на сопротивление федералистов прежде всего в портовых городах Новой Англии и в Нью-Йорке, был утвержден 22 декабря 1807 года. На Европу, ведущую войну, это не произвело большого впечатления, так как быстро нашлась замена для американских товаров и американских «транспортных услуг». Однако эта мера имела катастрофические последствия для самой Америки. Эмбарго почти уничтожило ее морскую торговлю. В Новой Англии и Нью-Йорке началось недовольство. Сельскохозяйственные производители также сочли себя ущемленными, так как цены на их продукцию резко упали, а южные и западные фермеры не могли поставлять излишки зерна, мяса и табака на внешний рынок. А больше торговать американцам просто было не с кем… В течение 1808 г. экспорт США сократился до 20 % от прежнего объема, однако расчеты на то, что это заставит Англию голодать и ей придется изменить свой курс, не оправдались. В конце концов, контрабанда с канадскими провинциями Англии приобрела в 1808 году такие размеры, что президент объявил пограничный район вокруг озера Шамплейн, прилегающий к Нью-Йорку, находящимся в состоянии мятежа.