История создания в составе Федерального бюро расследований структуры для ведения оперативной работы за пределами Соединенных Штатов началась 3 июня 1940 года, после образования в составе Межведомственного комитета по разведке (ИИК) подкомитета для подготовки и выработки рекомендаций по созданию отдельной Службы специальной разведки. Итоги его работы были рассмотрены и утверждены 11 июня на очередном заседании ИИК. Поскольку деятельность предлагаемого к созданию органа должна была осуществляться за рубежом, окончательные рекомендации было предложено сделать помощнику государственного секретаря США Берлу. Президент изучил представленные материалы и не согласился с рядом выводов, прежде всего, с автономностью предполагаемого к созданию органа. Рузвельт распорядился: “ФБР должно быть ответственным за внешнюю разведывательную работу в Западном полушарии по запросам государственного департамента… Существующие структуры военной разведки и военно-морской разведки должны ведать остальным миром, в случае возникновения такой необходимости… Разумеется, предлагаемая дополнительная разведывательная работа не должна осуществляться за счет какой-либо работы, выполняемой в настоящее время”[439]. В результате Гувер получил шанс, которого добивался уже давно, и 1 июля организовал с составе ФБР Службу специальной разведки (СИС) с задачами добывания информации по операциям германских, итальянских и японских спецслужб в Латинской Америке, а также вскрытия, отслеживания и нейтрализации вражеских разведывательных, диверсионных и пропагандистских агентурных сетей. Ее первым руководителем стал помощник директора ФБР Перси Е. (“Сэм”) Фоксуорт. Впоследствии, 15 января 1943 года он вместе со специальным агентом ФБР и 33 другими американцами разбился насмерть во время катастрофы военно-транспортного самолета С-54 в джунглях Голландской Гвианы. Направляемые на места специальные агенты проходили серьезную подготовку в области истории и социальной системы стран пребывания, изучали местный язык, шифры и методы работы германской разведки в той мере, в какой они были тогда известны американцам. Богатая сырьем Латинская Америка была разделена на шесть зон безопасности, в каждую из которых отправились спецагенты СИС со статусом консульских офицеров безопасности. В 1941 году в 26 портах континента разместились 26 спецагентов по охране грузов и судов. Помимо них, к октябрю 1942 года Служба специальной разведки располагала в Латинской Америке 156 специальными агентами под разнообразными прикрытиями[440].
Возникновение СИС буквально сразу же встретило резкие возражения военных. Уже 23 июля глава МИД Шерман Майлс письменно предложил Гуверу ограничиться внешней контрразведкой и борьбой с подрывными элементами в странах Латинской Америки, поскольку, по его словам, СИС была создана вследствие необходимости подтверждения информации, поступающей от военных атташе, сведениями, добытыми оперативным путем. Однако опытный в административной борьбе директор ФБР отверг это требование, сославшись на отсутствие в рекомендациях ИИК каких-либо ограничений направлений оперативной работы Службы специальной разведки. В течение 1940 и 1941 годов Гувер продолжал вести аппаратные битвы с генералом Майлсом, опасавшимся, что специальные агенты СИС ФБР в Западном полушарии затмят его военных атташе в области сбора информации. На протяжении полутора лет работа СИС осуществлялась на, мягко говоря, не вполне легитимных началах, а именно исключительно на телефонном указании президента от 24 июня 1942 года. Даже после вступления США в войну в декабре 1941 года Гувер не сразу смог получить от Рузвельта официальное подтверждение законности существования СИС, лишь 16 января 1942 года президент подписал директиву, официально уполномочивающую ФБР на проведение секретной разведывательной работы в Западном полушарии. Строго говоря, именно Служба специальной разведки ФБР, а не ведомство Координатора информации, являлась первым правительственным органом Соединенных Штатов Америки, уполномоченным на ведение агентурно-оперативной работы за рубежом.