Когда же на престол взошел Павел I, то первым делом он отправил бывшего фаворита матери в отставку. Новым командующим Черноморским флотом был определен адмирал Мордвинов, как некогда «невинно» пострадавший от того же Потемкина. Тогда же Павел решил отменить и ставшую ненужной и вредной автономность Черноморского флота и замкнуть его непосредственно на Адмиралтейств-коллегию. Для решения этого вопроса и был определен на Черное море адмирал Мордвинов. Однако, прибыв в Николаев, новый Главный командир Черноморского флота и портов сразу же оценил все выгоды своей автономности, почувствовал вкус самостоятельности и идти под длань петербургских адмиралов сразу расхотел. Еще бы, когда ты никому не подотчетен в вопросах финансов, таможни, организации судоходства и морской торговли и властвуешь так, как бог на душу положит, можно чувствовать себя уже не просто морским начальником, а местным властителем!
Личность адмирала Николая Семеновича Мордвинова была и сама по себе весьма примечательна. В войну с турками 1787–1791 годов он показал себя как совершенно бездарный флотоводец и именно поэтому был отрешен от командования кораблями. На берегу Мордвинов чувствовал себя куда уверенней. Он любил заниматься хозяйственными делами, считался просвещенным экономистом, слыл либералом и значился масоном. Много лет спустя масоны-декабристы будут именно его прочить в будущее масонское правительство России.
Через некоторое время у взошедшего на престол императора наконец-то дошли руки и до черноморцев. Своим указом Павел I официально вернул самостийников в лоно Адмиралтейств-коллегии. Однако одно дело – написать указ и совсем другое – воплотить его в жизнь. Известие о подчинении Адмиралтейств-коллегии мгновенно разделило черноморцев на две партии. Первая из них, состоявшая из чиновников флотских управлений, сидевших в Николаеве, во главе с главным командиром Черноморского флота и портов адмиралом Мордвиновым – были недовольны указом: ведь отныне они не могли единолично распоряжаться огромными деньгами и властвовать, как хотела их левая нога. Другая часть черноморского офицерства – корабельные офицеры и в первую голову командиры судов, находящиеся в Севастополе, наоборот, были рады концу чиновничьего произвола и почти узаконенного воровства. Эту партию возглавил командующий Севастопольской корабельной эскадрой вице-адмирал Ушаков. А потому начавшийся в 1797 году на Черноморском флоте частный (на первый взгляд!) конфликт между русофилом адмиралом Ушаковым и масоном-англоманом Мордвиновым на самом деле имел весьма большую подоплеку.
Противостояние двух группировок сразу же стало очень острым. Формальным поводом для конфронтации стала постройка двух новых линейных кораблей – «Святой Петр» и «Захарий и Елизавет». Дело в том, что херсонский корабельный мастер Катасонов впервые в российском кораблестроении применил в них новую конструкцию: бак и шканцы были соединены сплошной палубой. Это давало ряд преимуществ – прежде всего, повышалась жесткость корабельной конструкции. Строительство линейных кораблей происходило по инициативе Мордвинова, и именно это сразу вызвало неприятие нововведения в Севастополе.
Против «новоустроенных» кораблей решительно выступил вице-адмирал Ушаков. Севастопольский флагман и его окружение объявили новые корабли неудобными в работе с парусами, излишней задымленности при ведении огня и большой парусности корпуса, которая затрудняет маневрирование. В обострении вопроса с новыми линейными кораблями севастопольская группировка видела возможность привлечь внимание императора к Черноморскому флоту, прежде всего, для решения главного для всех корабельных офицеров вопроса – скорейшего и полного перехода флота под юрисдикцию Адмиралтейств-коллегии. Но и Мордвинов не сидел сложа руки. Когда в Николаеве поняли, что севастопольская оппозиция собирается использовать для решения вопроса новые корабли, там сразу же приняли ответные меры. Немедленно командиром «Святого Петра» был назначен капитан 1-го ранга Сенявин, сторонник Мордвинова и давний личный недруг Ушакова. Когда-то Сенявин, еще будучи молодым генеральс-адьютантом светлейшего князя Потемкина, ослушался и сдерзил Ушакову, но был быстро поставлен на место самим князем. Теперь же Сенявин нашел поддержку у Мордвинова и, пользуясь этим, снова частенько выходил за рамки субординации.