Киров занимался укреплением 11-й Красной Армии, и это отнимало у него почти все время и силы. О разгоревшемся конфликте он проинформировал Механошина и, вероятно, предложил отозвать из города Атарбекова. Косвенным подтверждением этого служит телефонограмма, адресованная Сергею Мироновичу, за подписью Механошина из Москвы:
Военное положение Астрахани летом 1919 года резко ухудшилось. 30 июня был захвачен Царицын. Казачья дивизия Мамонтова заняла станции Владимирская и Ахтуба на железной дороге Астрахань-Саратов. Создалась прямая угроза захвата города. В Астрахань по указанию реввоенсовета РСФСР направляются В. В. Куйбышев (член РВС Южной группы войск), К. К. Юренев (в июле — член РВС РСФСР и одновременно член РВС Восточного фронта). Они проводят ряд действий по укреплению обороны города. Создается Астраханская группа войск, куда входит и 11-я Красная Армия. Надо отметить, что судьба 11-й армии драматична. Она несколько раз переформировывалась, менялась ее подчиненность в оперативном отношении: то главкому РСФСР, то Южного фронта, то Юго-Восточного фронта. С июня по 14 августа 1919 года она вошла в состав Астраханской группы войск.
Реввоенсовет РСФСР своим приказом объединяет Астраханско-Каспийскую флотилию с Волжско-Каспийской флотилией. Ее командующим становится Федор Федорович Раскольников.
Благодаря своевременно предпринятым реввоенсоветом РСФСР мерам, героическим действиям бойцов и командиров 34-й стрелковой и 7-й кавалерийской дивизий угроза прорыва белых к Астрахани была ликвидирована, 30 июля казачьи дивизии Мамонтова были отброшены от Ахтубы к Владимировке. Еще раньше Киров получил указание ЦК РКП(б) готовится к подпольной работе на территории Дагестана. В связи с этим он в июле-августе 1919 года уже не являлся членом РВС 11-й армии. На него была возложена вся координация подпольной работы на Северном Кавказе и в Закавказье.
На фоне тяжелейшего военного положения Астрахани продолжала нарастать напряженность в отношениях между Аристовым и Атарбековым. Валериан Владимирович Куйбышев и Михаил Васильевич Фрунзе были вынуждены лично вмешаться в этот конфликт. Срочно созданный реввоенсовет Астраханской группы войск усиливает политическую работу среди военнослужащих, коммунистов, рабочих. 16 июля 1919 года Юренев телеграфирует сразу в три адреса: ЦК РКП(б), реввоенсовет южной группы войск и штаб 34-й дивизии Куйбышеву:
Между тем личная неприязнь между Атарбековым и Аристовым усиливалась. Последний направил в ЦК РКП(б) письмо, в котором обжаловал ряд нарушений, допущенных Атарбековым. В ночь с 24 на 25 июля Аристов объявил себя военным диктатором. Воинские части, стоявшие в Астрахани, подчинились ему. Аристов арестовал почти весь состав Астраханской чрезвычайной комиссии и единолично приговорил их всех к расстрелу. Киров, используя свои личные хорошие взаимоотношения с Аристовым и опираясь на часть военных астраханского гарнизона, добился отсрочки исполнения приговора.
Реввоенсовет Астраханской группы войск в составе Ф. Ф. Раскольникова, П. Г. Галактионова, В. В. Куйбышева, В. А. Тронина и М. В. Фрунзе послал во все воинские части на территории Астраханского края телефонограмму. В ней сообщалось об акции Аристова и требовалось неукоснительно выполнять все приказы реввоенсовета края. Первый РВС предусматривал передачу всех арестованных чекистов под охрану армейских частей, подчиненных РВС края. Аристов этот приказ исполнил беспрекословно.
По указанию ЦК РКП(б) для проверки случившегося была создана комиссия. В ее состав был включен и Киров. В Центральном партийном архиве хранится мандат за № 5434 ЦК РКП(б) от 11 августа 1919 года. Он гласит: