Ситуация в Западной и Центральной Сибири не вызывала больших опасений: Тюменская губчека действовала с сентября 1919 г., а Омская губчека, из которой в большой степени черпались кадры для остальных, была крупным подразделением, располагавшим рядом уездных органов. Томская (Новониколаевская) губчека заработала с конца декабря, когда в ней насчитывалось два десятка работников. В середине января 1920 г. в Томской губчека работало уже 60 сотрудников, а к началу февраля — 130. В течение января были сформированы также Алтайская и Енисейская губчека. В конце 1919 — начале 1920 г. появились и отделения дорожно-транспортной чека на крупнейших станциях, имевших депо (например, участковые ТЧК в Тюмени, Томске, Новониколаевске, Барнауле, Барабинске и других городах), а присланный в Сибирь из Перми опытный чекист П.П. Ивонин успешно формировал аппарат районной ТЧК Сибири, Омской железной дороги и бассейна рек Западной Сибири.
Немногочисленный костяк оперсостава губернских чрезвычаек довольно быстро пополнялся опытными кадрами из Особого отдела ВЧК 5-й армии и бригадами из Москвы, прибывавшими по путёвкам ВЧК во все губернские центры. В Новониколаевске с начала февраля начал работу бывший глава Владимирской губчека А.В. Шишков, в начале марта 1920 г. в Красноярск по распоряжению Дзержинского прибыли опытные чекисты В.И. Вильдгрубе и Д.М. Иванов. Рядовые сотрудники набирались из числа военнослужащих, бывших партизан, а также партийных, комсомольских и профсоюзных работников; сотрудников транспортных органов ЧК вербовали из числа тех, кто имел опыт работы на железнодорожном и водном транспорте.
Сибирь считалась регионом, глубоко поражённым контрреволюцией, изобиловавшим белогвардейцами и кулачеством. Поэтому в этой удалённой от центра территории всю систему управления строили с известной автономией, предоставляя местным властям особые права. Сибирь была сверху донизу пронизана системой ревкомов, а Сибревком — внеконституционный чрезвычайный орган действовал на правах отдела Совнаркома до 1925 г.
Сиббюро ЦК РКП(б) и Сибревком руководили громадным краем, приводя в движение губернские, уездные и волостные ревкомы, советы, парткомы всех уровней и сельские комячейки. Структура органов ЧК (полпредство, губчека, уездные чека и политбюро, волостные уполномоченные) копировала эту систему управления, за исключением того, что на нижнем (волостном) уровне действовали в большей степени конспиративные сотрудники-резиденты, вербуемые нередко из представителей местной власти.
Зимой-весной 1920 г. функции общесибирского органа ВЧК исполняла Омская губчека, в которую с 1 января 1920 г. была преобразована Сибчека. 26 декабря 1919 г. Левитина сменил бывший начальник Секретного отдела ВЧК С.Г. Уралов. Судя по всему, он не был столь радикален, как приехавший позднее Павлуновский (возможно, именно с этим обстоятельством оказалось связано удаление Уралова из ВЧК почти сразу по возвращении из Сибири). С конца декабря 1919 г. до апреля 1920 г. Уралов руководил сначала Сибчека, а затем Омской губчека, будучи де-факто лидером всех региональных чрезвычаек
[59].Организационный период Уралов явно затянул: только к 1 февраля 1920 г. Омгубчека в основном закончила формирование основных своих отделов — Секретно-оперативного во главе с Петровым (в марте его заменил П.В. Гузаков) и Юридического под начальством Я.С. Гранова. К этому моменту Омская ЧК насчитывала 158 сотрудников, в том числе 32 — ответственных; коммунистами из них была почти половина — 72. Охранял губчека 208-й батальон из 1.500 бойцов, включавший в том числе 160 кавалеристов, 40 конных разведчиков и располагавший четырьмя пулемётами.
В отчёте для Сибревкома Уралов сообщал, что с 7 декабря 1919 по 1 февраля 1920 г. чекисты не зафиксировали ни восстаний, ни контрреволюционных заговоров. Сибчека занималась регистрацией всех прибывших в Сибирь с августа 1918 г., то есть после ликвидации советской власти, а отделы управления при губревкомах обязывались взять на учёт всех активных участников свержения большевиков. Обысков за указанный период произвели 325, конфискаций имущества — 33. Арестовано было 577 чел., в том числе 378 — за контрреволюционную деятельность, 15 — антисоветскую агитацию, 25 — спекуляцию, 26 — хулиганство, 16 — хранение оружия, 9 — шпионаж. 48 чел. были задержаны с целью выяснения личности, 5 — за убийство, 4 — за бандитизм, 4 — за саботаж, 3 — «за провокацию», по одному — за побег, дезертирство и грабёж, а одного арестовали как заложника.
Из 577 арестованных за указанный период было освобождено 290. Из оставшейся половины расстреляли 53 чел.: 13 — за шпионаж, 13 — контрреволюционную деятельность, 13 — участие в расстрелах советских работников при белых, 10 — службу в карательных отрядах, 2 — «умышленное» хранение оружия, по одному — за хищения и бандитизм. В концлагерь заключили 40 чел., в тюрьму — 14.