В январе-феврале 1920 г. омские чекисты, наводя порядок в новорожденном советском аппарате, арестовали за хищения изъятого при обысках имущества и пьянство почти весь состав городского угрозыска во главе с его начальником Быковым, а также ряд работников учётно-реквизиционной комиссии — за присвоение конфискованных вещей. Секретно-оперативный отдел вёл разработку архиепископа Сильвестра, готовясь предъявить ему обвинения в антисоветской агитации и организации противобольшевистских «дружин Святого креста»
[60]. Среди первых явно сфабрикованных дел было дело группы офицеров, обвинённых во взрыве омского моста при отступлении белых.Тогда же коллегия Омской ЧК вступила в острый конфликт с партийной ячейкой. Партячейка в начале февраля 1920 г. обвинила руководителей губчека в самоуправстве (те увеличили рабочий день и высылали в отдалённые районы недовольных сотрудников), и даже в сочувствии контрреволюционерам. Члены коллегии нанесли ответный удар, обратившись в Сибревком с рапортом, в котором заявляли о невозможности дальнейшей работы с бюро ячейки, и просили разрешения привлечь бюро и председателя собрания к ответственности за клевету, «вмешательство в секретно-следственные дела комиссии и разглашение их на общих собраниях», деморализацию сотрудников губчека и бойцов 208-го отдельного стрелкового батальона, которые в результате стали позволять себе самочинные обыски и аресты. Лидеры чрезвычайной комиссии, квалифицируя действия бюро ячейки как «политические преступления», просили Сибревком предоставить коллегии губчека «больше самостоятельности» в решении внутренних вопросов.
Представитель Сибревкома с ведома Сиббюро ЦК дал разъяснение, которое оказалось в пользу чекистских начальников: «… Бюро ячеек губчека, а тем более отдельные его члены не могут и не имеют права вмешиваться в распоряжения и работу губчека и ее отделов. (…) Если бюро ячеек в целом или отдельные его члены совершили поступки, караемые законом, то, разумеется, они и должны за это отвечать перед ревтрибуналом…». Председательствовавшего на «криминальном» собрании следователя Т.Д. Пинхасика тут же уволили со службы без объяснения причин и отказались принять на другую работу. Тот был вынужден на время уехать из Сибири в Москву. Секретарю бюро ячейки губчека А.Я. Клярову повезло меньше: он был арестован по обвинению в неисполнении боевого приказа и отсидел полтора месяца
[61].Первые месяцы 1920 г. стали периодом формирования чека на уездном и, частично, волостном уровне. В уезды и крупные волости прибывали уполномоченные губернских чека, спешно разворачивавшие работу. В самых крупных уездных центрах организовывались свои чека, в остальных — политбюро, а в небольших городах и посёлках уполномоченные с помощью местных коммунистов образовывали чекистские аппараты из нескольких человек. В Омской, Семипалатинской и Томской губерниях этот процесс начался с декабря 1919 г., а в Енисейской — только в конце марта 1920 г. Во главе местных чека встали как опытные чекисты, так и новички.
В Томске уездную чека в декабре 1919 г. возглавил покинувший Сибчека М.Д. Берман, с мая 1920 г. ставший руководителем Томгубчека. Славгородскую уездчека в феврале 1920 г. поручили бывшему коменданту Омской губчека М.И. Воеводе. Любопытно отметить, что в Бийске сначала было создано уездное политбюро, которое весной 1920 г. преобразовали в уездную чека, а несколько месяцев спустя превратили снова в политбюро. Аппарат Бийской чрезвычайки формирован присланный из Барнаула член коллегии Алтайской губчека 3.А. Александров, ранее работавший начальником Петроградской губмилиции. Весной 1920 г. он сообщал Павлуновскому, что большинство сотрудников уездной чека находятся в разъездах, занимаясь интенсивной вербовкой агентурно-осведомительной сети. Тогда же уполномоченный Сибревкома в Якутии М.К. Аммосов договорился с главой Иркутской губчека С.Г. Чудновским, чадо тот откомандирует знакомых Аммосову якутян И.Б. Альперовича, Н.Н. Захаренко, А.В. Надеина и других. В июне они пароходом прибыли в Якутск, составив небольшой аппарат уполномоченного Иркутской губчека по Якутскому району во главе с Д.Ф. Клингофом
[62].Однако значительную часть руководителей местных чека составили кадры, не имевшие опыта работы. Первым председателем Щегловской уездной чека с 25 декабря 1919 г. работал В.В. Гульбе, рабочий-латыш, большевик с 1917 г., бывший член артели деревообделочников. На 7 января 1920 г. штат этой чека составляли три члена коллегии, пять тайных агентов, столько же канцеляристов и 30 милиционеров. В 1920 г. Канскую уездчека возглавляли бывшие активные партизаны Т.И. Мордвинов и Г.А. Нюня
[63].