А дела на Святой Горе становились невеселыми. К физическим трудностям, ветшанию построек, скудному питанию добавилась еще одна трудность, очень значительная – проникновение на Афон обмирщенных людей, торгашей и тех, кто видел в Афоне не школу молитвы, а территорию для наживы. Некоторые монахи и сами дрогнули, уходили на подворья, где жили совместно с «сестрами», проникали в монастыри и миряне, ленившиеся ходить в храм, но спешащие на трапезу.
Патриарх Иеремия II собрал в Салониках афонских старцев, решая с ними трудности Афона. На месте их расследовал, по просьбе Иеремии, Александрийский патриарх Сильвестр. В результате был составлен новый Типикон, вернее, его новая редакция. Монахам запрещалось, что называется, выносить сор из избы, то есть решать проблемы, вытаскивая их за пределы Афона, запрещалось сеять пшеницу, ячмень, торговать орехами, растительным маслом, плодами за пределами Афона. Внутри Афона устанавливались твердые цены на продукты питания и облачения. Изгонялись с Афона безбородые юноши, домашний скот женского пола. Последнее было, по преданию, вызвано еще и тем, что один инок привел козу, чтобы молоком от нее питать тяжко болеющего монаха. Но, когда он стал ее доить, вместо молока пошла кровь. Запрещалось также проживание монахов на подворьях вне Афона. А мирянам, приходящим в монастыри, давалось три года на размышление. После этого они или постригались в монахи или изгонялись. Запрещено было покидать Афон даже для сбора милостыни. Запрещалось производство и употребление водки.
Все эти категорические меры были, конечно, вынужденными. К великому сожалению, они достигли цели лишь частично. Шестнадцатый век, а во многом и семнадцатый, были печальны для Афона. К началу семнадцатого века даже в Великой Лавре оставалось менее десяти монахов. Ее спас, в самом прямом смысле, Патриарх Дионисий III, избравший Лавру для проживания в ней в старости. В 1630 году он принес сюда все свое состояние.