И тут в ход пошла уже такая клевета, что поверить в нее было невозможно тому, кто знал преподобного. Но князь уже был не тот, что девять лет назад, когда зазывал Максима и осыпал почестями. Князь клевете поверил. Она была в том, что будто бы через турецкого посла в Москве Искандера Максим писал султану, чтобы тот шел войной на Россию, что время удобное, что силы военные в Руси слабы, что великого князя на Москве не любят и прочее. Преподобного заковали в кандалы и отвели в темницу Симонова монастыря. Всегда искренний, он и на допросах говорил правду. Не скрывал и своего осуждения задуманного брака. Но брак все равно состоялся. Прежнюю жену, Соломонию, постригли в монахини. Великий князь, к его чести, распорядился выпустить преподобного.
Тогда враги его выдвинули новые обвинения, они стали буквоедски искать ошибки в его переводах, называли еретиком, будто бы он искажал суть Священного Писания. Преподобный смиренно каялся, просил снисхождения, но еретиком себя не признавал. Неумолимый собор не внял его голосу. Преподобный был вновь схвачен, тайно увезен из Москвы, и долгое время не знали, жив ли он. А он томился в подвале Иосифо-Волоколамского монастыря под строгим присмотром и отлученный от причастия Святых Тайн Христовых. На старца даже поднимали руки, морили голодом. Впавшему в отчаяние, ему явился Ангел, сказавший: «Терпи, старец, сими муками избавишься вечных мук». Старец написал углем на стене темницы канон Утешителю Духу Святому и ныне воспеваемый в церкви:
«Иже манною препитавый Израиля в пустыни древле, и душу мою, Владыко, Духа наполни всесвятаго, яко да о нем богоугодно служу Ти выну».
Ученики и друзья преподобного разделили его участь. Их разослали по отдельности в различные монастыри, ставшие для них местами заточения и страданий. В Москву доносили, что старец в грехах не кается, ведет себя гордо.
Через пять лет преподобного привезли в Первопрестольную и поставили перед новым судом. Оказывается, в переводе Жития Пресвятой Богородицы, сделанном Максимом, нашли много погрешностей. Старец в ужасе открещивался от обвинений, он так не говорил, это все ему приписано. «Это ложь на меня, я так не мудрствую».
Новым местом заключения стал Тверской Отроч монастырь. Здесь условия жизни были лучше, чем в прежнем заточении, ибо Тверской епископ Акакий сознавал невиновность Максима, часто разделял с ним трапезы, подолгу беседовал. Забегая вперед, скажем, что и Акакий потом изменил свое отношение к старцу, ибо тот, по обычаю не умеющий лукавить и льстить, высказал однажды свое мнение о тверичах и об их пастыре.