В анкете, заполненной В. А. Лягиным в 1938 году, он указывает, что женился в 1938 году на Разумянской Людмиле Михайловне (настоящее имя и отчество Лия Моисеевна. —
С учетом блестящих качеств личности В. А. Лягина и безупречной биографии чекисты Ленинграда направляют его в 1938 году в Москву на учебу в ШОН (Школу особого назначения) НКВД СССР.
Во время учебы в ШОН В. А. Лягин близко сошелся с П. М. Фитиным, который также попал на учебу по комсомольскому набору. К моменту их знакомства ни П. М. Фитин, ни В. А. Лягин ни дня не проработали на оперативной работе, о деятельности секретных служб оба черпали знания из художественной литературы. Похожие судьбы — оба познали труд с юности; оба были бесспорными лидерами, комсомольскими вожаками, с похожими наклонностями и, конечно, убеждениями; и по возрасту оба были почти ровесники — П. М. Фитину исполнился 31 год, а В. А. Лягину — 30. Все это стало основой для большой мужской дружбы.
Об этом периоде жизни В. А. Лягина вспоминает его непосредственный начальник, руководитель разведывательно-диверсионного направления, чуть позже 4-го Управления НКВД, П. А. Судоплатов в своей книге «Разведка и Кремль»:
«В декабре 1938 г. Берия официально взял в свои руки бразды правления в НКВД, а Деканозов стал новым начальником Иностранного отдела… На следующий день Берия представил Деканозова сотрудникам разведслужбы. Официальным и суровым тоном Берия сообщил о создании специальной комиссии во главе с Деканозовым по проверке всех оперативных работников разведки. Комиссия должна была выяснить, как разоблачаются изменники и авантюристы, обманывающие Центральный Комитет партии. Берия объявил о новых назначениях Гаранина, Фитина, Леоненко и Лягина. Он также подчеркнул, что все остающиеся сотрудники будут тщательно проверены. Новые руководители пришли в разведку по партийному набору. Центральный Комитет наводнил ряды НКВД партийными активистами и выпускниками Военной академии им. Фрунзе».
В декабре 1938 года В. А. Лягин был направлен в отдел внешней разведки ГУГБ (Главное управление государственной безопасности НКВД) на должность начальника отделения научно-технической разведки 5-го отдела ГУГБ, а его друг по совместной учебе П. М. Фитин стал заместителем начальника внешней разведки ГУГБ НКВД.
К лету 1939 года в результате необоснованных репрессий внешняя разведка НКВД потеряла сто процентов руководителей резидентур и шестьдесят процентов оперативного состава, были прерваны связи со многими ценнейшими оперативными источниками. Острая нехватка кадров, безусловно, способствовала быстрому карьерному росту выпускника оперативных курсов. В то же время нельзя сбрасывать со счетов энергичный целеустремленный характер В. А. Лягина и его блестящее образование, природное обаяние и интуицию. В мае 1939 года П. М. Фитин сменил на посту главы 5-го отдела НКВД В. Г. Деканозова, а В. А. Лягин стал его заместителем по научно-техническому направлению.
В это же время Виктор Александрович сблизился, а чуть позже женился на сотруднице внешней разведки Зинаиде Тимофеевне Мурашко, и вместе с ней в июле 1939 года был направлен в командировку в США на должность заместителя резидента советской разведки в Сан-Франциско Г. М. Хейфеца под прикрытием — заместителем вице-консула генерального консульства СССР.
Работая на Западном побережье США, он занимается сбором информации об американских военно-морских судостроительных программах, особенно связанных со строительством авианосцев. По мнению П. А. Судоплатова:
«… успехом агентурной работы В. Лягина было то, что ему удалось завербовать в Сан-Франциско агента — технического сотрудника одной из фирм, который передал ему описание секретного оборудования, разработанного для защиты кораблей от магнитных мин. Это донесение Лягина в Москве получило высокую оценку».
Жена В. А. Лягина — Зинаида Тимофеевна Мурашко
Затем В. А. Лягина перевели на восточное побережье США, где он стал сотрудником советской резидентуры в Нью-Йорке, действуя под прикрытием в должности служащего внешнеторговой организации «Амторг».