Капитан В. А. Лягин был зачислен в резерв особой группы НКВД СССР, которая была создана в Москве 25 июня 1941 года. Данную группу возглавил П. А. Судоплатов с целью организации срочного развертывания разведывательной, диверсионной и боевой деятельности в тылу фашистских войск. В эту же группу был зачислен капитан В. А Молодцов. Какое-то время В. А. Лягин готовил нелегальную диверсионно-разведывательную группу для направления в город Николаев. Однако кандидат, которого он готовил на роль резидента на юге Украины, в последнюю минуту отказался, мотивируя свой отказ тем, что он не готов к этой роли. В. А. Лягин тяжело пережил отказ своего кандидата, и аргументировано доказал руководству разведки, что должен сам исправить ситуацию, и, учитывая его опыт работы инженером, лично возглавить разведывательно-диверсионную работу в Николаеве — крупнейшем судостроительном центре Причерноморья.
П. А. Судоплатов сначала не удовлетворил рапорт В. А Лягина. Но Виктор Александрович проявил настойчивость и, в конечном счете, добился положительного результата, лично обратившись к Л. П. Берии.
Он объяснял руководству разведки, что немцы попытаются восстановить крупнейшие на юге страны николаевские верфи и превратить судостроительные заводы города в ремонтную и тыловую базу для своего и союзного румынского флотов, а в случае успеха — наладить перевозку своих войск и стратегического сырья по Черному морю. Его же группа сорвет планы оккупантов.
П. А. Судоплатов в своих воспоминаниях пишет: «…группой в Николаеве руководил бывший заместитель начальника англо-американского отдела и научно-технической разведки НКВД В. А. Лягин, будущий Герой Советского Союза. В тыл противника он отправился по собственной инициативе. Он горел желанием отличиться на войне. Его вело бесстрашие. Он оставил семью, все свои привилегии руководящего работника, личную автомашину, которую он привез из-за границы. Несмотря на мои возражения, добился приема у Берии и лично подписал рапорт у руководства Наркомата внутренних дел о направлении его резидентом в Николаев накануне оккупации города. Обосновывал Лягин свое решение тем, что возглавить резидентуру крупных портовых районов, захваченных противником, может только человек, имеющий хорошую инженерную подготовку. Такая подготовка у него была». Вскоре В. А. Лягин был назначен резидентом НКВД в Николаеве, а В. А. Молодцов — в Одессе.
Несмотря на сложнейшую обстановку первых месяцев войны, Виктору Александровичу удалось отправить жене несколько писем.