Работая инструктором по парашютной подготовке бойцов ОМСБОН, Муза занималась именно с теми бойцами, которых направляли в партизанские отряды. Она сама нередко сопровождала группу парашютистов до места выброски, командовала десантированием и тем же самолетом возвращалась на базу. Осенью 1942 года выяснилось, что Муза беременна. Ей нельзя было прыгать, но перегрузки уже сделали свое дело: беременность была неудачной. На память о том времени у Музы осталась справка, в которой говорится, что она действительно состояла на службе в воинском соединении с 8 июля 1941 года по 23 сентября 1942 года и уволена в связи с реорганизацией части, и что «за время службы в части аварий и несчастных случаев у нее не было». Всего за это время Муза Малиновская подготовила около 1200 парашютистов-десантников.
Наум Эйтингон в должности заместителя начальника 4-го Управления НКВД СССР, в ведении которого была вся зафронтовая разведка, участвовал в десятках сложнейших операций, таких как «Монастырь» и «Березино». 25 октября 1943 года Муза родила генерал-майору Эйтингону сына, которого назвали тем же именем, под которым был известен его отец — Леонид. Главный специалист НКВД по взрывным устройствам Александр Тимашков, изготовивший, в частности, знаменитую «коробку конфет» для Коновальца, принёс счастливым родителям самодельную погремушку, а детское одеяло подарил Михаил Маклярский — начальник 3-го отдела 4-го Управления НКВД. После войны Маклярский напишет сценарий к знаменитому фильму «Подвиг разведчика».
В 1944 году для разведывательного обеспечения работ по Атомному проекту был создан Отдел «С», который возглавили генералы Судоплатов и Эйтингон. Одним из источников информации была нелегальная сеть агентов, заложенная Эйтингоном и Григулевичем в США в 1939–1940 годах во время подготовки операции «Утка» по ликвидации Троцкого в Мексике. Тогда Эйтингону было предоставлено чрезвычайное право вербовать агентов без санкции Центра, используя родственные связи. В частности, на имя Григулевича была оформлена аптека в Санта-Фе (Нью-Мексико) — по иронии судьбы, буквально в нескольких десятках километров от возникшего здесь впоследствии ядерного центра. В 1943 году резидентом в Мехико был назначен Лев Петрович Василевский, хорошо знакомый с действующими в Санта-Фе нелегалами, так как он сам был участником операции «Утка». Три человека копировали наиболее важные документы в Лос-Аламосе, получая к ним доступ через Оппенгеймера, Ферми и Вайскопфа. Затем, минуя резидентуру в Нью-Йорке, материалы через аптеку в Санта-Фе пересылались с курьером в Мексику, и далее — в Москву. При этом генеральный конструктор советской атомной бомбы, академик Юлий Борисович Харитон и генерал-майор госбезопасности Наум Исаакович Эйтингон являются, как уже говорилось выше, троюродными братьями.
Именно Эйтингон в 1947 году занимался подготовкой для работы в США по линии атомной разведки знаменитого нелегала и своего подчиненного по 4-му Управлению НКВД Вильяма Генриховича Фишера, назвавшегося после своего ареста Рудольфом Абелем. Эта операция завершилась так же, как и фильм «Мёртвый сезон»: 10 февраля 1962 года будущий начальник Управления «С» (нелегальная разведка) КГБ СССР Юрий Иванович Дроздов лично встречал измождённого американской тюрьмой Рудольфа Абеля, которого обменяли на осужденного в Советском Союзе американского летчика Фрэнсиса Гэри Пауэрса, на мосту Глинике на границе между Западным и Восточным Берлином…
В том же 1947 году у Эйтингона родилась дочь, которую назвали так же, как и маму — Музой. В редкие свободные минуты он любил ходить на прогулки с детьми в военной форме — ему нравилось, что они гордятся отцом. Только в такое время он позволял себе блеснуть генеральским мундиром и орденской колодкой — во всём остальном он был предельно скромен и требовал того же от всех членов семьи. У него никогда не было никаких сбережений, и даже скромная обстановка в квартире была казённой.
Когда Эйтингон был арестован первый раз в 1951 году — он как раз вернулся из Прибалтики, где руководил операциями по уничтожению бандформирований «лесных братьев», — в квартиру пришли с обыском. Жену спросили:
— Дача есть?
— Нет, — ответили она.
— А машина?
— Тоже нет, — прозвучал ответ.
Пришельцы осмотрели комнату и с удивлением обнаружили на многих вещах инвентарные бирки: «Вот так генерал…» Они пожали плечами, забрали охотничье ружьё, еще какие-то мелочи и ушли, довольно пренебрежительно взглянув на детей.
После ареста семья оказалась в безвыходном положении. Жена и дети остались без средств к существованию. Но хуже всего было то, что Муза опасалась, что арестуют и её, а маленьких Леонида и Музу отправят в разные детские дома, поменяв им имя и фамилию. Мама боялась, что совсем маленькая девочка потеряется, и найти её уже не удастся. Поэтому она писала тушью имя и фамилию маленькой Музы на ленточках и вшивала эти ленточки в детское бельё.