В самих Нидерландах все еще оставалось много «оранжистов». Недовольство вызывали введенные французами повышенные налоги. Численность армии Батавской Республики достигала 20 000 человек. Численность же французских войск в стране составляла около 15 000 человек, и командующим всех этих сил был будущий наполеоновский маршал Гийом Брюн. Сравнительная малочисленность подчиненной ему армии отчасти компенсировалась местными условиями, обеспечивавшими удобные оборонительные позиции и затруднявшими наступательные действия противника.
Многие историки отмечают, что организация русского экспедиционного корпуса прошла неудовлетворительно: формирование дивизий и бригад произошло только непосредственно перед посадкой на суда, а отдельные сводно-гренадерские батальоны были собраны из солдат разных полков и командиры подразделений даже не знали толком своих подчиненных. Кроме того, нередкими оказались случаи «дружеского огня», так как солдаты и офицеры не успели как следует усвоить различия в форме и цвете обмундирования.
27 августа передовая британская дивизия генерала Ральфа Эберкромби высадилась на нидерландский берег между городом Хелдер и селением Грооте-Кеетен. Высадке попыталась помешать дивизия генерала Хермана Виллема Данделса, однако ее атака была отражена. Нидерландский флот, возглавляемый капитаном Теодором Фредериком ван Капелленом, 30 августа сдался англичанам. Войска генерала Эберкромби заняли местность, называемую Зейпе, где и закрепились, выжидая подхода остальных войск. Атака, предпринятая 10 сентября объединенными франко-батавскими силами при Краббендаме, была отбита, после чего генерал Брюн обратил все свое внимание на защиту Харлема и Амстердама.
К этому времени начала прибывать остальная часть англо-русских войск. К 18 сентября весь экспедиционный корпус (более 30 000 британских и 17 000 русских солдат и офицеров при 60 орудиях) был окончательно собран. Но наступившая осень сильно затруднила ход операции: из-за дождей и штормов уровень воды поднялся, а низменности были залиты и стали труднопроходимыми. Войска оставались на бивуаках без палаток и шалашей, плюс возникли проблемы еще и с логистикой. В довершение ко всему русские солдаты страдали от непривычной пищи, лошадей так и не доставили, и до самого конца экспедиции кавалеристы оставались пешими, а артиллерийские орудия передвигали «вручную» и с величайшим трудом.
Всем этим воспользовался генерал Брюн, который успел собрать разбросанные по стране части и довести численность своей армии до 22 000 человек.
19 сентября 1799 года произошла битва у города Бергена, в которой было показано полное отсутствие координации между русскими и англичанами, и поэтому командование союзников приняло решение отвести свои войска. При этом наибольший ущерб был нанесен русским частям, которые заняли Берген, но, встреченные контратакой и своевременно не поддержанные, были со значительными потерями выбиты оттуда. Генерал фон Ферзен вместе со всем штабом попал в плен к французам.
Положение экспедиционного корпуса ухудшилось, а надежда на содействие «оранжистов» очень быстро утратилась. Армия же противника, напротив, была усилена новыми подкреплениями, и ее боевой дух от этого существенно повысился.
Состоявшееся 2 октября сражение при Алкмаре не имело решительных результатов. Потери союзников составили 2200 человек убитыми и ранеными, а потери франко-батавской армии – 3000 человек. После сражения генерал Брюн отдал приказ об отходе к Бевервейку, где его войска заняли новую позицию. И там, под Кастрикумом, 6 октября произошло решающее сражение кампании.
Во франко-батавской армии были убиты, ранены или захвачены в плен 1382 человека, а у союзников 2536 человек были убиты, ранены или захвачены в плен плюс было потеряно 11 орудий.
Неудача убедила герцога Йоркского в том, что его позиция стала слишком сложной. Госпитали были переполнены больными, а подвоз продовольствия все больше затруднялся. Ввиду всего этого на военном совете экспедиционного корпуса было принято соответствующее решение, результатом которого стала Алкмарская конвенция 18 октября 1799 года. Французы позволили англичанам и русским уйти с территории Нидерландов, не выплачивая репараций и сохранив захваченную добычу. При этом были возвращены все пленные французы и нидерландцы. В результате к 19 ноября все британские и русские войска были посажены на корабли и отплыли в Великобританию.
Результаты экспедиции стали удовлетворительными лишь для Великобритании, поскольку ей удалось овладеть нидерландским флотом, так как его условия Алкмарской конвенции не коснулись. России же она не принесла ровным счетом никакой выгоды. А потом во Франции произошел государственный переворот. Наполеон Бонапарт заложил основу консульства, которое вскоре переросло в империю, что способствовало установлению новых взаимоотношений.