Наполеон Бонапарт, несмотря на воинственную репутацию, в первые годы своего правления в качестве консула пытался восстановить мир в Европе на благоприятных для Франции условиях. Члены антифранцузской коалиции имели предубеждение против Великой французской революции, а консул был убежден в их вероломстве. Наполеон видел возможность компромисса с коалицией лишь при условии, что Франция будет иметь приграничную цепь из послушных государств, но уже без явного революционного уклона. Последнее должно было гарантироваться новыми конституциями, направленными на устранение каких-либо внутренних конфликтов и чрезмерного национализма.
Начала этот процесс Франция с Гельветической республики (современная Швейцария), где 30 апреля 1801 года при посредничестве Наполеона была введена конституция, предоставившая отдельным кантонам значительные полномочия. Затем, 7 сентября, «унитариям» удалось изменить конституцию в плане еще большей централизации власти, а потом начались волнения, и власть несколько раз переходила от «унитариев» к «федералистам» и обратно.
Аналогичная судьба была уготована Батавской Республике, чье правительство и конституция были не по нраву Наполеону. Последней каплей стало пренебрежение амстердамских купцов к его просьбе в 1800 году о крупном займе с низкой процентной ставкой, которую французы считали делом само собой разумеющимся. Наполеон обвинил Республику в несоблюдении бойкота британских товаров. Для «исправления» было потребовано принятие новой конституции, и для ее «продавливания» был выбран новый посол Шарль-Луи де Семонвилль. Тот прибыл в Гаагу в 1799 году.
Тем временем все уже понимали, что необходимы перемены. Но при этом имело место охлаждение к демократии в целом, и начал формироваться альянс между реформаторами «бонапартистского» толка и сторонниками прежнего федерализма. Член Директории Августин Герхард Безье из Девентера аподал проект, расширявший исполнительную власть и возвращавший конституцию во времена федерализма. С помощью маркиза де Семонвилля он начал продвигать конституционную реформу, в важнейших аспектах повторявшую французскую конституцию VIII года. Проект Безье вызвал много дискуссий, и Национальная ассамблея отклонила его 11 июня 1801 года: было подано 12 голосов «за» и 50 голосов «против».
14 сентября 1801 года был объявлен новый референдум по новой конституции, а 18 сентября командующий французскими войсками в Нидерландах генерал Пьер-Франсуа Ожеро, будущий наполеоновский маршал, закрыл двери Ассамблеи и арестовал оппозиционных директоров. По сути, это был военный путч: до переворота страна управлялась на демократической основе, а после был установлен авторитарный режим, узаконенный через замену конституции. Как оказалось, из 416 619 избирателей конституцию поддержал лишь 16 771 человек и 52 219 выступили против, но Директория посчитала, что 350 000 не проголосовавших – это «молчаливо поддержавшие» проект.
Новая конституция снизила роль законодательной власти и, напротив, расширила полномочия исполнительной власти, которая стала называться Staatsbewind (Государственное регентство). Властный орган, изначально состоявший из поддержавших переворот трех директоров, был увеличен до двенадцати человек. Были восстановлены прежние провинции, а местная и провинциальная администрация по-прежнему избиралась, но не всенародным голосованием, а через малопонятную систему с цензом.
«Демократов» в основном заменили «патриоты», не особо любившие демократию, а также старые «оранжисты», воспользовавшиеся амнистией 1801 года.
В октябре 1801 года между Великобританией и Францией начались переговоры для заключения Амьенского мира. Батавская Республика, как незначительный участник переговоров, была поставлена перед фактом, получив назад колонии, захваченные англичанами, но уступив Цейлон, гарантировала проход британских кораблей через мыс Доброй Надежды. Нидерландский представитель Рутгер Ян Схиммелпеннинк напрасно ссылался на Гаагский мир, по которому колонии Республики оставались неприкосновенными, а Франция обязывалась не заключать сепаратного мира.
За счет указанных потерь Батавская Республика получила международное признание, положившее конец всем претензиям статхаудера и его наследников.