Однако примерно с 1959 года, после ликвидации МТС, неожиданно жестокой травли поэта и писателя Бориса Пастернака, получившего Нобелевскую премию, и ряда заявлений Хрущева, свидетельствовавших о пересмотре слишком резкой оценки деятельности Сталина, на фоне ухудшения экономического положения в стране, политический климат также стал меняться в сторону ограничения многих свобод. Весьма непопулярной оказалась у жителей городов и деревень проведенная Хрущевым реформа среднего образования по всей стране – переход от 10-летнего среднего образования к 11-летнему «политехническому» образованию. По этой реформе мальчики и девочки примерно с 14–15 лет обязательно должны были учиться какой-либо трудовой профессии (токарь, слесарь, тракторист, текстильщик и т. д.), причем школы прикреплялись к ближайшим заводам, фабрикам, мастерским, колхозам и совхозам, работникам которых вменялось в обязанность обеспечивать школьников учителями. Один день в неделю (или два раза по несколько часов) школьники шли не в школу, а в цеха на завод или в совхоз, где их обучали той или иной профессии. Все это создавало проблемы и для промышленных предприятий, и для школ и требовало крупных финансовых вложений. Работникам предприятий не нравилось, что им, кроме выполнения плана производства продукции, нужно было еще обучать разным узким профессиям школьников, а школьники и их родители были недовольны тем, что по существу они не могли сами выбрать профессию, чаще всего она определялась специализацией ближайшего к школе промышленного предприятия. Большинство считали, что они никогда не будут работать именно по тем профессиям, которым их практически заставляли обучаться. Статистика впоследствии показала, что действительно 95 % всех учащихся после окончания школы не использовали навязанного им «профессионального» обучения, а стремились получить другую профессию, поступали в техникум или в университет и т. д. Однако, несмотря на оппозицию, Хрущев требовал строго выполнять эту реформу образования, проведенную через Верховный Совет СССР как закон.
Некоторая либерализация национальной политики привела к росту национализма, что часто затрудняло централизованное руководство и иногда приводило к потере полезных ресурсов технического и научного характера. Например, многие научные журналы в республиках стали выходить на местных языках, математики, химики, биологи печатали свои труды на армянском, грузинском, белорусском, украинском и других языках, и из-за этого терялась научная информация. Русские ученые, например, не могли прочитать и оценить техническую или научную статью или книгу на украинском языке, не говоря о грузинском или эстонском. Эта националистическая тенденция противоречила международной научной интеграции, которая во всем мире шла по пути выделения основных языков и использования малыми странами (такими как Бельгия, Голландия, Венгрия и др.) в специальных научно-технических публикациях английского, немецкого, французского, русского.
Продолжавшаяся после рязанской катастрофы деградация животноводства привела к необходимости резко (почти на 50 %) повысить цены на мясо и другие продукты, что стало первым серьезным повышением цен на продукты продовольствие с 1948 года.
Необходимость в новых источниках финансирования для реализации разных программ заставила Хрущева отменить надбавки к зарплате, существовавшие у рабочих Сибири, Севера и Дальнего Востока, что вызвало не только недовольство людей, но и постепенный отток населения их этих областей, очень важных в экономическом отношении. Была непопулярной и ограниченная денежная реформа, проведенная Хрущевым в 1961 году (изменение покупательной способности рубля в соотношении 1 к 10, с одновременным снижением всех зарплат и цен в 10 раз). Но в связи с реформой цены иногда повышались. Разочарованный слабым ростом производительности труда, Хрущев пытался добиться пересмотра норм выработки и оплаты в ряде отраслей, что вызвало сильное недовольство рабочих и много трудовых конфликтов. В результате, к 1960–1961 годам его популярность, основанная на успехах 1953–1958 годов, резко снизилась, и он и его ближайшее окружение, несомненно, сознавали это, так как это сказалось на популярности всего партийного аппарата.