В правящих сферах США были сторонники как «французской», так и «английской» внешнеполитической ориентации. С установлением якобинской диктатуры и революционного террора, события во Франции утратили свою привлекательность. Решающим ударом по франко-американскому союзу оказался «договор Джея». В Париже усмотрели в нем антифранцузскую направленность, и французы начали массовый захват американских торговых кораблей. Выступая на чрезвычайной сессии конгресса президент Д. Адамс 16 мая 1797 г. в резких выражениях осудил действия французского правительства. Вместе с тем, он не считал разумным еще больше обострять франко-американские отношения, и было принято решение урегулировать их путем переговоров. Во французскую столицу направились американские уполномоченные. Министр иностранных дел Директории Ш. Тайлеран через своих агентов дал им понять, что без предоставления крупного займа на льготных условиях, извинений за высказывания Адамса в конгрессе и без… взятки в 250 тыс. долл. бесполезно ожидать не только начала переговоров, но даже официального приема. Эти действия создали у американцев впечатление, будто Франция стремится к разрыву с США. Правительство Адамса аннулировало все действующие соглашения с Францией и занялось военными приготовлениями. Эти действия получили полное одобрение в Лондоне и Петербурге, где посчитали вступление США в войну на стороне антифранцузской коалиции свершившимся фактом. Но ни США, ни Франция войны не объявили, хотя на море между ними происходили стычки. В полной мере военные действия между двумя странами так и не развернулись: в Соединенных Штатах сложилась угрожающая внутриполитическая обстановка, а военные силы Франции были заняты в кампаниях в Европе. Весной 1799 г. франко-американские переговоры возобновились, и в сентябре следующего года была подписана конвенция, провозглашавшая мир и дружбу между двумя странами. Франция признавала аннулированным договор 1778 г., а США отказывались от требований возмещения ущерба от действий французского флота.
Вскоре франко-американские отношения вновь подверглись испытанию на прочность. Пришедший к власти во Франции Наполеон Бонапарт мечтал о возрождении французской колониальной империи в Западном полушарии. Он заключил тайную сделку с Испанией, добившись возвращения Франции обширнейшей области Луизианы. Американское правительство получило информацию об этой сделке. Оно понимало, что владение ослабевшей Испанией Луизианной не представляло непосредственной угрозы для республики. Захват же французами западной части обширной долины реки Миссисипи и, особенно, Нового Орлеана – ключевого порта в устье Миссисипи, через который проходила вся торговля Запада, мог иметь далеко идущие последствия для США (при том, что сами американские деятели рассматривали испанские владения в Северной Америке как основной объект колонизации). Т. Джефферсон, ставший в 1801 г. президентом, до этого последовательно выступавший за сохранение дружественных отношений с Францией, заявлял в письме к посланнику в Париже, что в случае сохранения Нового Орлеана – «единственного места на земном шаре, владелец которого является естественным и извечным врагом американского народа», американцы должны будут предпочесть в качестве друга и союзника Англию. Белый дом предлагал французскому правительству купить Новый Орлеан вместе с Западной и Восточной Флоридами (Джефферсон полагал, что они также были переданы испанцами французам), но получил отказ.
К весне 1803 г. стали очевидны как неизбежность очередной войны Франции с Англией, так и неудачи попыток французских войск подчинить Санто-Доминго (о. Гаити в Вест-Индии). Эту некогда самую богатую колонию Франции, Наполеон хотел сделать центром колониальной империи в Америке, и без Санто-Доминго Луизиана теряла для него свою ценность. Остро нуждаясь в деньгах для предстоящей войны с Англией, а также будучи заинтересованным в сохранении хороших отношений с заокеанской республикой, Наполеон продал ей Луизиану вместе с Новым Орлеаном за 11 млн 200 тыс. долл. Присоединение территории, увеличившей почти вдвое размеры Соединенных Штатов, имело огромное значение для всего последующего развития страны.