В ответ на это Генеральные штаты под напором городских буржуа пригласили Вильгельма Оранского. Он прибыл в Брюссель осенью 1577 г., был восторженно встречен и сразу же возглавил антииспанскую борьбу. Однако в дополнении к тому, что войска Генеральных штатов потерпели несколько поражений, национально-освободительную борьбу ослабляли усиливавшиеся разногласия между католиками и протестантами. Католическое население южных провинций, особенно представители первых двух сословий, т. е. дворянство и духовенство были недовольны компромиссом с кальвинистами. Оказалось, что пути севера и юга все больше расходились, и у короля Испании Филиппа II на юге Нидерландов оказалось гораздо больше сторонников, чем предполагали сторонники независимости Нидерландов.
Военные поражения и общая усталость, постоянная опасность и неустроенность привели к тому, что определенная часть общества стала искать компромисса с Филиппом II. Такую ориентацию усиливали и религиозные разногласия. Все это привело к тому, что 6 января 1579 г. представители дворянства южных провинций Артуа и Геннегау заключили союз для проведения внешней политики. Результатом этого союза стала Арраская уния. Эта уния подтверждала права Филиппа II как законного правителя Нидерландов, особенно в землях участников унии. Католицизм объявлялся единственным разрешенным вероисповеданием в провинциях подписавших унию. Фактически это было открытое предательство национально-освободительного движения.
В ответ на это 23 января 1579 г. была создана Утрехтская уния. Ее подписали северные провинции Голландия, Зеландия, Утрехт, Фрисландия и Гельдерн. Позднее к унии присоединились Гронинген и Оверейсел. Целью нового союза было продолжение войны против Испании до победного конца.
Первоначально на волне национально-освободительного движения к унии присоединились и некоторые южные провинции, такие как Фландрия и Брабант. Но вскоре ситуация здесь осложнилась. Интересы политически более сильного и религиозно сплоченного дворянского класса шли в разрез с интересами набиравшей экономическую мощь и все более амбициозной городской буржуазией. Используя эти разногласия в первой половине 1580-х гг. новый испанский наместник Александр Фарнезе поодиночке разгромил разрозненное сопротивление городов, таких как Гент, Брюссель, Антверпен, Ипр, Брюгге и полностью подчинил Францию и Брабант.
Утрехтская уния в основе своей имела положения, декларированные еще в «Гентском умиротворении». Основной ее целью было объединение всей страны в решимости покончить с кровавым испанским владычеством. Но при всеобщем желании стать независимыми от Испании, участники унии клялись в верности испанскому королю Филиппу II. Возможно, это были политические уловки или выражение разногласий в лагере оппозиции, но такое положение вещей было взаимоисключающим и не могло привести к конструктивному выходу из создавшегося положения.
Повод для преодоления создавшегося положения создал сам испанский король. Используя разногласия в лагере оппозиции, в 1580 г. Филипп II объявил Вильгельма Оранского вне закона. За убийство лидера национально-освободительной борьбы было обещано значительное материальное вознаграждение. В ответ на это, 26 июля 1581 г. в обстановке войны с Испанией, которая осложнялась острыми политическими противоречиями внутри самих Нидерландов, Генеральные штаты пошли на беспрецедентный, но так давно напрашивавшийся шаг. Король Испании Филипп II как суверенный правитель Нидерландов был низложен.
Пытаясь найти поддержку в борьбе против Испании Генеральные штаты и Вильгельм Оранский призвали в страну в феврале 1582 г. герцога Анжуйского, брата французского короля. Но герцог не оправдал возложенные на него надежды. Его действия шли в разрез с целями национально-освободительной войны. Герцог Анжуйский даже рассчитывал присоединить Фландрию и Брабант к Франции. В итоге, его наемные французские войска были разгромлены силами самих восставших.