В империи не было кабинета министров. Весь административный аппарат возглавлял имперский канцлер, который не только руководил общеимперскими органами государственного управления, но одновременно являлся главой прусского правительства и председателем верхней палаты парламента. Канцлер в силу огромных полномочий и ответственности в области исполнительной власти играл ведущую роль в проведении национальной политики государства. Без его подписи были недействительны указы и другие официальные акты императора. Он не был ответственен перед парламентом и не уходил в отставку в случае разногласий с Рейхстагом. Наоборот, именно Рейхстаг мог быть распущен в случае конфликта с канцлером. Такое случалось трижды: в 1878, 1887 и 1893 гг. Отраслевое управление обеспечивали государственные секретариаты – аналоги министерств. Первоначально их было пять: иностранных дел, внутренних дел, юстиции, финансов, почты, позднее их общее количество удвоилось. Во главе общеимперских ведомств стояли статс-секретари (государственные секретари), назначавшиеся канцлером.
Рейхстаг должен был олицетворять народное представительство и единство нации, стоять выше частных интересов входивших в империю государств. Хотя Рейхстаг и был отстранен от формирования правительства, он реально влиял на политические процессы через механизмы принятия бюджета и законотворческого процесса. Рейхстаг избирался первоначально на 3 года, ас 1888 г. на 5 лет. Избирательным правом были наделены только мужчины, достигшие 25-летнего возраста, кроме военнослужащих, а также лиц, находившихся под опекой или получавших пособие по бедности. Женщины избирательных прав не имели. Конституция установила равные, прямые и тайные выборы. На практике избирательные округа обеспечивали перевес Пруссии, которой принадлежало 248 из 397 депутатских мест. Депутаты Рейхстага не получали жалованья или иного вознаграждения – это препятствовало демократизации депутатского корпуса.
Бундесрат не избирался, а составлялся из представителей государств, вошедших в империю. Из 58 мест (позднее 61), которые имелись в нем, 17 принадлежало Пруссии, 6 – Баварии, по 4 – Саксонии и Вюртембергу, по 1–3 – остальным государствам. Но все голоса от каждого государства подавались только совместно. Ни одно изменение конституции не могло быть принято, если против голосовали 14 депутатов Союзного совета. Поэтому Пруссия со своими 17 голосами могла блокировать неугодные ей законопроекты, что и обеспечивало ей преобладание. Союзный совет по своей структуре и функциям фактически являлся представительным органом правительств отдельных германских государств, а не их народов. Союзный совет имел право издавать постановления относительно административного управления, дополнявшие законы ордонансы, выполнять обязанности государственного контроля. Совет избирал имперских судей, разрешал конфликты между входившими в империю государствами, а также споры между ними и имперским правительством по поводу толкования законов. Таким образом, Союзный совет аккумулировал функции законодательной власти, исполнительного органа, аппеляционного суда и собрания представителей властей государств империи.
При всех элементах консерватизма политический строй, установленный конституцией, обеспечил интеграцию немцев отдельных государственных образований в немцев Германской империи. Созданная конституцией политическая система позволяла свободно функционировать общественным объединениям. Даже социал-демократы ни в одном из созывов Рейхстага не лишались представительства, а на последних предвоенных выборах 1912 г. получили 34,8 % голосов избирателей и 110 мандатов – больше, чем любая другая партия. Кроме того, в местные ландтаги социал-демократы провели 231 депутата, в общинные, коммунальные и городские управления входили 11 686 социал-демократических по партийной принадлежности советников.