Перечисленные и принятые предупредительные мероприятия уже запоздали, так как многие из рабочих Суконного двора бежали из бараков в город уже после первого осмотра фабрики доктором Ягельским. Кроме того, закрыв фабрику, ее забыли окружить караулом, так что все там проживавшие свободно общались с городом. Наконец, многие из рабочих всегда жили в городе и поэтому ушли от наблюдения.
Но если бы власти и осуществили все эти меры, эпидемии все равно было бы уже не избежать — чумной очаг под Москвой с весенним теплом стал «разогреваться», из не известного пока резервуара начался приток возбудителя чумы в популяции домовых крыс, а через их блох он все чаще стал проникать в дома москвичей. Количество больных в городе постепенно нарастало: «язва уже ныне стала до прочих обывателей касаться». Уже 16 марта на Пречистенке было найдено «мертвое купца одного тело» и на нем обнаружены «моровой язвы знаки» — карбункулы и петехии. Купец жил вместе с рабочим фабрики «в одном покое», рабочий умер от чумы, вслед за ним погиб и купец. Вскоре после этого «на съезжем дворе» скоропостижно умер десятский фабрики, который «фабричных из фабрики в карантины выводил».
Ягельский потребовал от полиции вывезти из города всех фабричных людей «как своими, так и чужими дворами живущих… дабы целому городу от них не произошел вред».
Салтыков, все еще не доверяя диагнозу московских врачей, обратился с просьбой к приехавшему из действующей армии и поэтому хорошо знакомому с настоящей чумой доктору Орреусу осмотреть больных на Суконном дворе и дать свое заключение. Орреус 19 марта письменно подтвердил, что в Москве «моровая язва».
Заслушав сообщение Салтыкова, Государственный совет по личному приказанию Екатерины 11 принял «пункты» относительно предупредительных мер для предотвращения «колико возможно» заноса прилипчивой болезни, как в Петербург, так и в другие города. Салтыкову предписывалось следующее:
установить карантин для всех выезжающих из Москвы в верстах 30 от города, как по большим, так и по проселочным дорогам;
Москву, «ежели возможность есть, запереть»;
опубликовать от имени Сената во всех городах, расположенных в 90 и 180 верстах от Москвы, что в Москве оказалась прилипчивая болезнь и чтобы поэтому «всякого звания люди» остерегались приезжать в Москву. Обозы со съестными припасами должны были останавливаться в 7 верстах от Москвы и ждать распоряжения полиции, куда следовать дальше;
Для этого московской полиции приказано было установить на каждой большой дороге вне города пункты, «куда обозом съезжаться». Московские жители на этих пунктах и должны были закупать в определенные дни и часы то, в чем имелась нужда; на этих же торговых пунктах полиция должна была «разложить большие огни и сделать надолбы» между продавцами и покупателями, наблюдая за тем, чтобы «городские жители до приезжих не дотрагивались и не смешивались вместе», деньги же надлежало не передавать из рук в руки, а погружать в уксус; московскому архиерею вменялось в обязанность поручить чтение по церквам составленных Синодом молитв, а также манифеста о прилипчивой болезни и «приложенные от Сената пункты, какие брать осторожности». для предотвращения заноса эпидемии в Петербург велено устроить «недельный карантин в 100 верстах от города, на Тихвинской, Старорусской, Новгородской и Смоленской дорогах. На большой дороге из Петербурга в Москву решено было устроить заставы в Чудове, Бронницах и Твери, по Смоленской и Тихвинской дорогам.
Командирами застав были назначены гвардейские офицеры, в распоряжение которых послано «надлежащее число медицинских чинов с медикаментами».
Все находившиеся в Петербурге воинские части, кроме двух гвардейских полков, приказано было вывезти в лагеря «не в близком и не дальнем расстоянии от города». Государственный совет «рассуждал и за полезное признал» назначить в Петербурге «такую особу, которая бы состоянии была… своею рассудительностью» принять необходимые меры для сбережения города от чумы.
Относительно Москвы предложено Салтыкову соблюдать все изложенные в «пунктах» меры предосторожности. Тогда же помощником и заместителем Салтыкова по борьбе с эпидемией назначен генерал-поручик П.Д. Еропкин, которому приказано «иметь особливое наблюдение во исполнение всех даваемых предписаний, касательных до предмета здоровья, прибавляя к тому и вящие предосторожности».