Такие внешне здоровые носители чумы ставили врачей в тупик. Они не знали, как отличать больных от здоровых, но придерживались твердого мнения, что те люди, которые носили чуму в своей крови, были уже не более чем гниющими трупами, чье дыхание заразно, а пот ядовит. Считалось, что обнаружить заразу можно по специфическому запаху изо рта, но никто не решался вдохнуть зловоние чумы.
Люди, заболевшие в две последние недели августа и в три первые недели сентября, обычно умирали в два, реже — в три дня, а многие и в тот же день, как заболели. По утверждениям лондонских врачей, внимательно изучавших этот период эпидемии, в одну из сентябрьских ночей, а если быть точнее, то в течение двух часов между часом ночи и тремя часами утра 17 сентября, от чумы погибло три тысячи человек. Однако эпидемия не могла поддерживаться бесконечно, а вернее, до «последнего лондонца» по ряду объективных причин. Наиболее чувствительная к чуме часть населения Лондона была к концу сентября уже истреблена, и «чумной пожар» стал затихать из-за отсутствия «сухих дров». В результате эпидемические цепочки, по которым распространялись высоковирулентные штаммы чумы, стали быстро обрываться (в пределах отдельных семей или домов), преимущества в них на несколько месяцев получили штаммы с меньшей вирулентностью, которые вызывали болезнь с более длительным течением. Поэтому в конце сентября клиника чумы изменилась, больные стали чаще выживать, а их количество даже увеличилось. Болезнь сама по себе была еще мучительна: язвы и бубоны болели невыносимо, смертельный исход полностью не исключался. Но непереносимая боль в «затвердеваньях» уже не доводила людей до безумия, как раньше. В октябре врачи стали замечать, что многие больные поправляются, хотя в отношении них не используется никаких новых лекарств: либо они хорошо пропотели, либо карбункулы рассосались, и покраснение вокруг них побледнело, либо жар уменьшился, либо невыносимая головная боль стихла, либо обнаруживались другие хорошие симптомы, так что через несколько дней все выздоравливали. Сложные и во многом сходные процессы происходили в это же время в популяциях городских крыс. Эпизоотия привела гибели наиболее чувствительных из них, оставшиеся в живых грызуны стали иммунными к чуме, и эпизоотия среди них пошла на убыль. Кроме того, наступила холодная погода, препятствующая «блокообразованию» и размножению блох
В течение 1666 г. еще имели место и кратковременные эпизоотии чумы среди крыс, давшие отдельные вспышки чумы среди горожан. Но потом и они прекратились. Чума «ушла» из Лондона.
Следующий после года чумы, 1666 г., остался памятен лондонцам грандиозным пожаром, во время которого сгорела большая часть Лон дона, в том числе и Сити.