Этот доклад явился как бы поворотной вехой в изучении данного вопроса, и выдвинутая теоретическая программа позволила установить в довольно короткий срок целый ряд важных в эпидемиологическом отношении фактов. Отвергая теорию заноса чумы, Клодницкий подчеркивал, что биологические свойства возбудителя делают маловероятным предположение о том, что заразное начало могло выдержать длинный путь при доставке товаров из Аравии и Индии. Если этот способ распространения инфекции имел бы место, то, по правильному замечанию Страховича, заболевания должны обнаруживаться в узловых пунктах, где сортировались товары и перекрещивались торговые пути, т. е. в городах, чего в действительности не наблюдалось. Кроме того, к этому времени резко сократились торговые сношения по караванным дорогам, а вспышки чумы продолжались.
Предположение о передаче чумы из Азии путем заноса ее человеком (паломниками) было несостоятельно.
Подчеркивая очевидную роль тарбаганов в эпидемиологии забайкальской чумы, Клодницкий высказал мнение о том, что и в астраханских степях грызуны служат резервуаром сохранения и распространения возбудителя чумы. К 1910 г. сведения, подтверждающие эту теорию, уже стали накапливаться. Например, В.И. Гос в своем отчете об аксайской чуме в 1902 г. указывал, что первые заболевания во время этой вспышки начались в степи, а затем уже появились заболевания в селе, в нескольких домах, обитатели которых общались между собой. Семьи в двух других аксайских домах, по-видимому, не имели контактов друг с другом, но участки их пахотной земли находились рядом. В обеих семьях заболевания чумой обнаружились в степи.
Жители с начала лета выезжали в степь для уничтожения сусликов, наносивших вред их полям, но сусликов в 1902 г. было так мало, что почти не пришлось вести борьбу с ними. Некоторые жители утверждали, что видели даже мертвых сусликов, чего обыкновенно не бывает, так как суслики погибают в норах.
В 1906 г. Клодницкий обратился к большому знатоку степи, полицейскому чиновнику из Красного Яра, С.В. Роговенко, с просьбой сообщить, не наблюдался ли мор грызунов перед и во время бекетаевской эпидемии 1905 г. Роговенко ответил, что при объезде урочищ он почти ежедневно замечал трупы павших мышей вокруг той местности, где находились землянки с умершими от чумы киргизами.
Он привел еще одно указание на связь грызунов с чумой. В отчете B.C. Клименко о вспышке чумы в Ильтоке Уральской области в 1909 г. отмечалось, что суслики и мыши, по словам киргизов, исчезли за месяц до эпидемии. Несмотря на объявленную плату, в астраханскую лабораторию было доставлено всего 4 суслика.
При анализе причин зимних и летних вспышек чумы Клодницкий впервые обратил внимание на то, что зимние вспышки, как правило, связаны с употреблением в пищу мяса прирезанных больных верблюдов.