В последующем были созданы зональные научно-исследовательские противочумные институты в Ростове-на-Дону, Ставрополе-на-Кавказе (Кавказа и Закавказья), Иркутске (Сибири и Дальнего Востока), Алма-Ате (Среднеазиатский).
Открылся ряд наблюдательных и портовых противочумных станций. За саратовским институтом «Микроб» была сохранена роль общего методического центра. Руководство противочумной сетью было сосредоточено в отделе особо опасных инфекций Санитарно-эпидемиологического управления Министерства здравоохранения СССР. В результате общего роста науки и техники в нашей стране в противочумные учреждения СССР располагали многочисленными специалистами. Они были богато оснащены оборудованием и транспортом.