Синодом был начат и успешно проведен план возврата и выкорчевывания из недр других Коллегий всех вотчино-церковных дел и функций прежнего расширенного Монастырского Приказа. Дело шло не об одном администрировании, но и о восстановлении, по старым законам и практике, и судебных дел над людьми бывшего царского ведомства. Несколько сот тысяч вотчинных душ становились вновь подсудными Синоду не только по гражданским делам, но и по части связанных с хозяйством уголовных дел. Все это логически начинало противоречить бюрократической системе Коллегий, воплощавшей единство государственной власти. Около Синода стали вырастать подсобные подчиненные ему органы, а Коллегии, терявшие часть своей компетенции, обращались за помощью к Сенату, который, по возможности, сдерживал этот неудержимый рост широкой компетенции Синода, выраставшего в какого-то двойника Сенату. Такое приравнение было далеко от сознания Сената, и он начал открыто «подминать под себя» Синод, как бы загоняя его в его коллегиальную колыбель. Синод на этой диалектической почве начал длительное и упорное состязание с Сенатом за свое равенство и во всяком случае за несравнимое превосходство над коллегиями. В сущности, он отстаивал самую природу церковной власти, независимую от государственной. Но, увы, он мог мотивировать свои права только дозволенными для него резонами государственными, напр., ссылкой на титул «Правительствующий». А на лестнице учреждений государственных все-таки раньше Синода и выше всех других уже стоял Сенат. Переодетый из одежды «Коллегии» в тогу «Правительствующего», Синод мог казаться Сенату величиной лишь почетно выше других коллегий превознесенной, но, конечно, не равной ему. Уже 15-го марта 1721 г. Синод на защиту Сенатом судебной компетенции Юстиц-коллегии со ссылкой на Генеральный Регламент возражал: «Когда Генеральный Регламент был сочинён, тогда о Дух. Правительстве еще и начинания не было. И ныне… Духовное Правительство от прочих Коллегий отменно, равно как Сенат». Петр чувствовал, что это путает систему государственного единства управления и суда, но частично пошел на уступки, и Синод постепенно завоевал права, непредусмотренные Духовным Регламентом и действительно приблизившие синодальную власть по широте ее ведомства к прежней власти патриархов, нарушая теоретически стройную систему коллегий вообще.
За период местоблюстительства (от 1700 г.), период настороженности Петра против церковной власти, царь при всех случаях своего административного творчества, особенно в новой столице и ее области, поручал по возможности все церковные дела Сенату и вновь открываемым коллегиям. Таковы, напр., дела о раскольниках, о ересях, о церквах для иностранцев, иноверцев, о школах и типографиях. Создав новое возглавление над церковными делами (1721 г.), Петр естественно счел нужным исключить из ведения и Сената и Иностранной Коллегии прежние полномочия, касавшиеся дел религиозных, и передал все это в ведение Синода. Само существо дела неизбежно раздвигало компетенцию Синода далеко за рамки Духовного Регламента, прикованного к категории коллегий. Синод свою борьбу за равенство с Сенатом, законченную победой, провел не без напряжения. Даже близкая к Синоду епископская братия нуждалась в разъяснении положения Синода, высшего чем уровень коллегий. В марте 1721 г. митрополит Сарский и Подонский Игнатий спрашивал: на каком основании ему теперь заведовать бывшей патриаршей епархией — по сенатскому ли указу от 1718 г.? Синод разъяснил, что Игнатий не понимает высоты нового Правительствующего Синода: «А в присылаемых в Правительствующий Духовный Синод доношениях данную от Царского Величества оному Синоду честь изъяснять ему без всякого умаления и повиноваться оному во всем беспрекословно, понеже оный Синод имеет честь, силу и власть патриаршескую, или едва и не большую, понеже есть собор». Снявши голову, Синод плакал по волосам. Указав в этих же строках, что всю свою власть он получил от главы государства, он уже всуе прикрывается только красивым словом «собор» без реального содержания. Неудивительно, что и Сенат, не в интересах которого было возвышать Синод, гнул линию возвращения Синода в ранг коллегий, если даже близкий к центру митрополит не понимал чести и ранга новоявленного заместителя патриарха.