В ряде конфликтов по поводу конкретных текущих дел Синод читал уроки Сенату о своей правовой государственной, если и не церковной, компетенции, которую по временам он обозначал грубым словечком петровской эпохи: «команда». Синод в своей полемике повторно развивал несколько тезисов: 1) что он Сенату «не подчинен»; 2) что он есть «важное и сильное правительство», что признал и Сенат, расписавшись под Духовным Регламентом; 3) что источник высоты и важности Синода это — породившее его волеизъявление монарха, что именно монарх есть «высочайшая» для Синода «власть», его «крайний судия», а никто другой, в том числе и Сенат. Ведя полемику с Сенатом по маленькому вопросу о праве назначения чиновников (а в коллегии их назначал Сенат), Синод отбивался и от низшего ранга коллегий и вел апологию своих полномочий, как равных Сенату. В этом своеобразном построении теории синодской власти пред нами прозрачно выступает мысль творца Синода, Феофана. Возвышая Синод над коллегиями и уравнивая его по меньшей мере с Сенатом, данное «ведение» Синода не без софистического ухищрения, свойственного Феофану, попутно возвышает Синод и над прежним патриаршеством. Признает, что патриаршеская власть была «аки бы собственная». Это выражение намекает, конечно, на то, что патриаршеская власть почитала себя вытекающей из своего собственного, т. е. церковного
источника, а не царского, с которым она была параллельна, «симфонична». Потому и форма делопроизводства творилась от одного имени патриарха. А теперь будто бы власть Синода (и в этом софизм) стала выше патриаршеской, ибо не претендует быть «аки бы собственной», но зависит от единственной подлинно верховной власти монарха. Для нас это умозаключение неубедительно, фальшиво. Но тогда с точки зрения философии «естественного права», и под фейерверк громких, засоряющих внимание слов и эпитетов — это заграждало уста всем возражателям. Синод писал Сенату: «а ныне Духовное Правительство изящным Его Царского Величества благоусмотрением учреждено, не в подобной (т. е. «равной) оному патриаршему правлению силе, но в отменной (т. е. «превосходной») и состоит не в одной персоне и должность свою исправляет не своим именем, но высокомочными указы Его Царского Величества, который, яко Благочестивейший Монарх, образом древних христианских царей, Самого Себе оному Священному Синоду за Верховного Председателя и Судию представил и честь, силу и власть тому Св. Пр. Синоду собственным Царския своея руки подписанием утвердил равную с Пр. Сенатом». Посему «Синод, после Генерального Регламента учиненный, паче же равной Сенату чести удостоенный… требует о всех важностях определения от Крайнего Судии, Его Царского Величества».В конце концов Синод добился-таки от Сената форменной расписки в признании его формального равенства с Сенатом. Но какой ценой? Ценой отказа от своего церковного достоинства и церковной природы своей власти. Он свел ее к источнику государственному, к воле Монарха. И это было логично для данной ближайшей защитной цели. Но забывалась при этом иноприродность, несравнимость церковной власти с государственной. Получилась новая схема административного государственного дуализма. Два высших органа под единой главой государя, «крайнего Судии», как для Сената, так и для Синода, как для дел государственных, так и церковных. Через это церковь становилась только «Ведомством» в государстве.