Этот дуализм равенства нарушал первоначальное единоверховенство Сената. И нужно было придумать, какой-либо формальный выход из вновь выяснившегося положения. Придуман был особый согласительный орган на случай разногласий двух высших, принципиально равных государственных установлений. А именно: 6/IХ, 1721 г. появился Высочайший Указ о так наз. «Конференциях Сената и Синода». Такие Конференции происходили, смотря по делу и инициативе, то в Сенате, то в Синоде, и на них являлись представителями другой стороны два командируемых члена, смотря по месту заседания. Но как ни добивался Синод равенства, его нельзя было вполне достичь. Первоначальные замыслы двух учреждений были различны, и эта разная природа их все время напоминала о себе. Нельзя было ничем затушевать ту существенную черту Сената, что он учрежден был десятью годами раньше Синода для специальной цели: замены лица Монарха в особых крайних случаях, когда распоряжения Сената приобретали силу «именных царских указов». Уже это одно делало Сенат с Синодом несравнимым. Кроме того, специфическая сущность Сената сводилась к тому, что он есть хранитель и толкователь всех законов государства. Указ об этих исключительных полномочиях Сената позднее в 1722 г. во всех судебных и многочисленных высших и средних административных учреждениях стоял в виде треугольного золоченого поставца до конца дней империи «яко зеркало пред очами судящих». Стоял он на зеленом сукне и в Синоде, напоминая о некотором исключительном превосходстве Сената. Находясь по случаю персидского похода в Астрахани в 1722 г., Петр предусмотрел, чтобы за его отсутствием Синод не был безглавен и беспризорен, и распорядился, чтобы важнейшие дела Синод решал «обще с Сенатом», но ему и в голову не приходило предписать — какие-либо сенатские дела решать «обще с Синодом», ибо Синод никоим образом не мог заменять персону государя. Защищая свое достоинство и от Сената и от низших инстанций (коллегий), Синод мог иметь единственное прибежище в лице государя. И все делопроизводство его, за все 200 лет, протекало под штемпелем: «По указу Его Императорского Величества». Петр еще и сам лично заседал в Синоде. Монументальным символом монаршего присутствия в Синоде осталось с тех пор парадное золоченое царское кресло под балдахином в палате заседаний. Петр осуществлял свое председание в Синоде, передавая ему свои именные указы походя и повсюду: то в церкви, то в саду, то в «летнем дворце», то в селе Преображенском, то в Шлиссельбурге, то в Кронштадте, то на вновь спущенном корабле. Вместо Кормчей Книги, иерархия привыкала видеть своего законодателя в живом лице монарха.
«Домашняя» реформа Петра и критерий вселенскости