За пределами садовых участков со стороны Невы, прямо у Шлиссельбургской дороги, был вырыт большой прямоугольный пруд. Кроме композиционно-планировочной, он выполнял и дренажную функцию – собирал поверхностные воды с территории сада. Из него существовал сток в Неву, по ручью, протекавшему под мостиком, сделанным на дороге. На более схематичном плане Стрельникова пруд изображен по оси центральной аллеи, а у Афанасьева – восточнее, со смещением относительно регулярной планировки сада. Ко времени составления планов пруд был в плачевном состоянии: заплывший в середине, с обрушенными стенками. Но его предполагалось вычистить и исправить. Рядом с ним планировалось «впредь для посеву ранних огурцов и протчей зелени… вновь теплицу построить». Вероятно, какие-то теплицы и оранжереи существовали здесь и при Меншикове. В описи 1732 г. подробно учтены все деревья, имевшиеся в то время в саду. Здесь росли: 694 клена, 85 лип, 55 кустов орешника, 9 старых яблонь, засохших и поломанных ветром, 350 кустов красной и 110 кустов черной смородины. Имелись также две большие грядки с клубникой, длиной по 9 сажень и три аршина каждая.
Помимо плана Койета 1722 г., дворец достаточно схематично (с двумя башенками и шпицами, но разными по высоте) изображен на карте течения Невы 1730-х гг. Причем показан он между дорогой и Невой (рис. 111, 112). Однако такое размещение его маловероятно. В настоящее время здесь остается довольно узкий прибрежный склон, а судя по описанию 1732 г., на берегу напротив усадьбы было только несколько хозяйственных построек. Более детальные планы 1760 г. с изображением сада относятся уже ко времени, когда дворца не существовало. Но регулярная планировка сада, сохранявшаяся с меншиковского времени, показывает, что наиболее вероятным местом его расположения было подножие склона у Шлиссельбургской дороги, к западу от пруда. Вся остальная территория была распланирована под садовые участки. Предположения, высказывавшиеся ранее, о том что меншиковский дом мог находиться в крепости или вообще на мысу при впадении в реку Ижору Большой Ижорки, не находят подтверждения в документах и противоречат существовавшим принципам построения усадебных резиденций начала XVIII в.
Во дворце, вытянувшемся по фасаду примерно на 30 метров, было 17 комнат с сенями. Они отапливались шестью кафельными (изразцовыми) печами. Свет проникал сквозь 44 стеклянных окна в свинцовых переплетах. Стены восьми комнат были обиты цветными шпалерами (одна – шерстяными и семь – суконными), остальные – выбеленными холстами. В кухне с шестью застекленными окнами был «очаг». Так, вероятно; называлась открытая печь.
Двор дома с четырьмя решетчатыми воротами; ориентированными по сторонам света, был обнесен брусками в пазы. При доме имелись «два погреба с напогребицами»; один из них фряжский[84]. «При тех погребах две светлицы с сенми. Хоромы деревянные об одном апартаменте в которых жил прикащик в них покоев 4 без убору в них печей кирпичных четыре окончин простого стекла в деревянных замазных рамах те хоромы крыты дранкой ветхие. При тех хоромах подле ворот изба кораульная на дворе сарай, погреб, конюшня с сушилом, баня с предбанником». Напротив «тех хором на берегу Невы рублинной бревенной в него кладутся сено и прочее. Подле подъемного мосту по реке Ижере три амбара, магазейны крыты в одну линею тесом ветхие при них три двери на петлях и крюках железных. Выше тех амбаров пивоварня без кровли ветхая» [РГИА. Ф. 467. Оп. 2. Д. 80а. Л. 82–82 об].
При мызе были 4 двора рыбаков и двор вдовы скотника, с общим количеством проживающих в 32 человека. Еще в 1730 г. рыбакам выдали паспорта, чтобы они явились с ними в Дворцовую контору для трудоустройства в Санкт-Петербурге, но, судя по описи, они не выполнили распоряжения и остались в Усть-Ижоре. В 1733 г. на землях мызы было вспахано 17 десятин земли, посеяно 34 четвертей ржи. В 1732 г. на приписанных к мызе лугах и на реке Ижоре скошено 572 копны сена, объединенных для хранения в 15 скирдов. Сено отсюда поставлялось в Петербург и отпускалось на корм скоту.
На скотном дворе при мызе было 6 хлевов, 2 риги и 3 хлебных амбара. Во дворе содержалось значительное количество домашних животных: 19 коров и быков, стадо из 52 баранов и овец, 12 свиней, 7 гусей и 3 утки. Здесь хранились продукты животноводства: 20 фунтов коровьего масла, и 1 пуд 23 фунта овечьей шерсти.