По началу у вернувшегося с Камчатки «монаха Игнатия» всё складывалось неплохо. О былых грехах не вспоминали. Он даже успел поучаствовать в первых поисках железной руды под Якутском и в плавании к заполярному морю Лаптевых — можно лишь удивляться такой неуёмности его натуры. Однако отношения беспокойного монаха с местными церковными властями не сложились, и он решительно собрался ехать прямо в Москву, в Святейший Синод, тогда ведавший всеми делами православия.
По пути в европейскую Россию, 6 июня 1726 года в Тобольске «монах Игнатий» беседовал с собиравшимся в тихоокеанскую экспедицию Витусом Берингом. Именно ему Иван Козыревский передал свои подробные «чертежи» Камчатки и Курильских островов. Фактически мятежный есаул подарил России первые систематизированные знания об огромном куске мира — от Берингова пролива (еще не получившего это имя) до Японии!
Примечательно, что на составленном Козыревским рукописном «чертеже» Камчатки, самой первой подробной карте полуострова, была и такая запись: «Река прозвищем Козыревская. Сначалу иноземцов в ясак призвал отец мой, Петр Козыревский». Даже спустя три века чувствуется в этой записи любовь и гордость отцом. Первопроходец Иван явно любил грешного родителя, но ведь, несомненно, любил детской любовью и мать, отцом убитую… Трудно представить, что могло твориться в душе и голове такого человека, выросшего посреди сплошных трагедий на непрерывной войне, но при этом явно умного, любознательного, для которого сведения про иные земли были не менее желанны, чем захваченные с бою драгоценные соболя…
К 1730 году «монах Игнатий» добрался до Москвы с обширными планами организации большой православной миссии на Камчатке и Курилах. Бывший первопроходец не только предлагал учредить «в Камчадальской землице» большой монастырь «ради прибежища ко спасению престарелым и раненым служилым людям, которые не имеют нигде главы подклонить», но и представил настоящий план по распространению христианства на далёких дальневосточных землях — с организацией школ во всех острогах, «дабы склоняли учиться грамоте», и предоставлением обширных льгот для «новокрещённых» аборигенов.
Любопытно, что вместе с «монахом Игнатием» в Москву приехал и принявший православие японец, видимо один из пленников, когда-то привезённых Козыревским с Курил. В верхах Российской империи смелые планы бывшего первопроходца приняли благосклонно. «Игнатия» произвели в «иеромонахи», более высокий монашеский чин, и назначили руководителем будущей православной миссии на Камчатке, куда в качестве священников и проповедников предполагалось взять студентов Московской академии.
Весной 1730 года в «Санкт-Петербургских ведомостях», первой русской газете, даже появилась статья о заслугах Козыревского в открытии Курил и первом описании Японии. Сенат Российской империи выдал бывшему первопроходцу 500 рублей, возместив его личные расходы на строительство «пустыни» у реки Камчатки. Некогда мятежный есаул, умевший считать добычу, однако, хотел большего, доказывая, что на Камчатке ему по заслугам причитается мехов на 7 тысяч рублей. На что Ивану Козыревскому сенаторы отказали с ехидной формулировкой: «Понеже многия имения монаху содержать не надлежит».
И всё же в то лето 1730 года казалось, что почти все планы «иеромонаха Игнатия» удались — он уже готовился с триумфом возвращаться на Камчатку в качестве руководителя большой миссии, а пока вместе со своим спутником-японцем отправился на богомолье в Киев, в знаменитую Лавру, о которой когда-то на берегах Лены рассказывал ему дед. И тут ситуация резко и трагически поменялась — вероятно, кто-то из дальневосточного церковного начальства очень не любил «монаха Игнатия», либо сам был не прочь покомандовать духовной миссией на Камчатку… В июле 1730 года в Москву с Дальнего Востока пришёл очень грамотно составленный донос — Ивана Козыревского не только обвинили в растрате церковного имущества на 5 руб. 77 коп. (напомним, он потратил на церкви Камчатки сотни рублей), но, главное, с указанием, что «монах Игнатий» это мятежник, убивший трёх камчатских «прикащиков», включая Владимира Атласова.
Поначалу монах всё отрицал. Началось следствие — обвинение в антигосударственном мятеже было слишком серьёзным. Через несколько месяцев, как бесстрастно записано в архивном деле Синода: «Козыревский был вложен в застенок, подыман да дыбу, чинена ему встряска бревном между ног, руки его в хомуты кладены».
На пытке монах признался, что «воровской» есаул Иван Козыревский это он и есть. Однако отрицал личную причастность к убийству «прикащиков» и вообще утверждал, что давно помилован за заслуги. В январе 1732 года церковные власти умыли руки — лишили «Игнатия» монашеского сана и передали для дальнейшего следствия светским властям. Предлагавшуюся им просветительскую миссию на Камчатку смогли начать лишь десятилетием позднее.