Тогда ее, Кривоногова и еще восемьсот человек по всему Киеву арестовала милиция. Невеста Христа продолжала утверждать, что милиционеры — последователи Понтия Пилата. Она Мессия, и предлагала распять и убить себя, как Иисуса. На следующий день в изолятор приехал первый муж Марии Виталий, вместе с сыном. Но Цвигун отказалась от встречи, воскликнув, что мальчик — «заблудшая овца». И что муж должен пасть на колени, принять ее как живого бога, а до этого момента общаться с ними она не будет. Мария опровергла обвинения в проникновении в собор и учинении беспорядков. По ее рассказам, она вошла в музей по билету, как обычная посетительница. Не пела и не танцевала у алтаря, а двери последователи просто прикрыли, для того чтобы она могла совершить ритуал самосожжения до конца. Но внезапно в собор ворвался спецназ, начал травить «Белое братство» газом, оскорблять, избивать дубинками, а затем силовики создали по всему музею видимость погрома, чтобы скинуть вину на безобидных послушников. Вообще Мария Дэви Христос была крайне возмущена выдвинутыми претензиями. Она считала «Белое братство» не сектой, а религиозной общиной. Уголовное дело против них трактовала как нарушение права на свободу вероисповедания.
В 1996 году Марию приговорили к четырем годам тюрьмы, а Юоанна к шести годам. В качестве протеста они объявили сухую десятидневную голодовку. К ней присоединились и тысячи адептов, оставшихся на свободе. Но это не помогло отменить решение суда. Официальное лицо секты Виталий Ковальчук, проповедующий под именем Иоанн-Петр II, тоже был приговорен к пяти годам колонии. Впоследствии, после освобождения, он станет вторым мужем Марии. Всех осудили за причинение тяжких телесных повреждений, посягательство на здоровье граждан под предлогом выполнения религиозных обрядов, захват государственных сооружений, самовольное строительство, оккупирование земель и мошенничество. Как часто бывает в сектах, многие семьи послушников пострадали из-за того, что Мария и Иоанн вымогали деньги, недвижимость и имущество самыми ласковыми и бережными способами. Так, чтобы никто не замечал урона, который они на самом деле наносили.
Юрий также признался, что не обладал волшебными техниками управления сознанием. Все продемонстрированные во время выступлений чудеса были выполнены с помощью подставных лиц и актеров, так что он даже не использовал гипноз. И неверно указанная дата апокалипсиса, и разоблачение Юрия повлекли за собой раскол в секте.
Еще до выхода из тюрьмы Мария отреклась от своего бывшего апостола, провозгласив его Иудой. Она лишила его «духовного сана», назвала предателем и рассказала своим послушникам, что он выполнял свои темные задачи рядом с ней. Об этом, по ее словам, ей поведали ангелы, пока она отбывала срок:
Кривоногов после освобождения заявил, что больше не верит в Марию Дэви Христос. А его пророчества, да и вообще все «Белое братство» было ошибкой: «
13 августа 1997 года Марина Цвигун выходит из тюрьмы досрочно, пробыв в колонии менее двух лет, и восстанавливает «Белое братство». Но официально зарегистрировать сообщество не удалось по понятным причинам. Комитет по делам религий отказывал ей на протяжении четырех лет. Во время ее заточения послушники пытались организовать массовое самоубийство потому, что Мария озвучила пророчество. В нем говорилось, что если умрут 666 представителей «Белого братства», то дьявол будет уничтожен. Попытку пресекли, адептов арестовали. Через год, в 1994 году, мужчина 24 лет в Одессе убил свою пожилую соседку. На допросе выяснилось, что он член секты Марины Цвигун. Ему якобы показалось, что в старушку вселился дьявол. Стало известно, что им и его собратьями запланированы еще два убийства. К счастью, ритуальные преступления не были допущены.