Как-то раз Оппенгеймер вызвал Шарлотту в свой кабинет. В Санта-Фе поползли слухи о том, что на плоскогорье находится какой-то секретный объект. Он предложил Гровсу запустить в оборот отвлекающий слух. «То есть, — сказал Оппи, — пусть жители Санта-Фе думают, что мы делаем электрическую ракету». После этого он попросил Серберов и еще одну супружескую пару почаще ходить в бары Санта-Фе. «Болтайте. Болтайте побольше, — предложил Оппи. — Делайте вид, что выпили лишнего. <…> Не знаю, как, но убедите местных, что мы строим электрическую ракету». Вскоре Боб и Шарлотта Серберы в компании Джона Мэнли и Присциллы Грин съездили в Санта-Фе и попытались распустить фальшивый слух. Однако на него никто не клюнул — контрразведка не перехватила ни одной беседы об электрической ракете.
Ричард Фейнман, неисправимый любитель розыгрышей, придумал свой способ борьбы с режимом секретности. Когда цензоры высказали недовольство, что его жена Арлин, пациентка туберкулезного санатория в Альбукерке, присылает ему зашифрованные письма, и потребовали выдать им шифр, Фейнман заявил, что шифра у него нет и что он играл с женой в игру — кто лучше расшифрует письмо. Фейнман бесил охрану тем, что по ночам по всей лаборатории вскрывал кодовые замки на шкафах с документами. В другой раз заметил дыру в заборе вокруг Лос-Аламоса, вышел через главный КПП, затем пролез обратно через дыру и снова вышел через главный вход — и так несколько раз. Его чуть не посадили под арест. Выходки Фейнмана стали темой местных баек.
Отношения между военными, с одной стороны, и научными работниками и членами их семей, с другой стороны, всегда были шаткими. Тон задавал генерал Гровс. В кругу своих непосредственных подчиненных он называл гражданских лиц Лос-Аламоса не иначе как «детьми». Одного из командиров он наставлял следующим образом: «Постарайтесь угодить этим капризным людям. Не позволяйте, чтобы жилищные условия, семейные проблемы или что-то еще отвлекали их ум от работы». Большинство гражданских считали Гровса «неприятным человеком»; в свою очередь, он давал понять, что плевать хотел на то, что они о нем думают.
Оппенгеймер ладил с Гровсом, но большинство офицеров армейской контрразведки считал тупицами и хамами. Однажды капитан де Сильва вломился на регулярную пятничную послеобеденную планерку с руководителями групп и с порога заявил: «Я хочу пожаловаться». Де Сильва объяснил, что к нему в кабинет зашел поговорить один ученый и, не спросив у него разрешения, присел на краешек стола. «Мне это не понравилось», — кипятился капитан. На потеху всем собравшимся Оппенгеймер ответил: «В моей лаборатории, капитан, каждый может сидеть на любом столе».
Капитан де Сильва, единственный в Лос-Аламосе выпускник Вест-Пойнта, не понимал юмора. «Он глубоко подозревал всех и каждого», — вспоминал Дэвид Хокинс. То, что Оппенгеймер включил Хокинса, бывшего члена Коммунистической партии, в состав комитета безопасности лаборатории, еще больше разожгло подозрения де Сильвы. Оппенгеймер любил Хокинса и высоко отзывался о его способностях. Он также понимал, что Хокинс не предаст свою страну, — его левые наклонности имели своей целью реформы, а не революцию.
Некоторые ограничения сильно раздражали всех жителей поселка. Когда Эдвард Теллер упомянул жалобы на перлюстрацию, Оппи горько ответил: «А что они хотят? Мне не позволяют общаться с собственным братом». Ему претила слежка. «Он постоянно негодовал, — вспоминал Роберт Уилсон, — что его телефонные разговоры прослушивают». Подчас Уилсону казалось, что Оппи страдает паранойей, и только много позже узнал, что тот находился под почти круглосуточным наблюдением.
Армейская контрразведка еще до открытия лаборатории в марте 1943 года потребовала от Дж. Эдгара Гувера, чтобы ФБР прекратило слежку за Оппенгеймером. 22 марта Гувер удовлетворил заявку, однако проинструктировал своих агентов о продолжении наблюдения за лицами, которые подозревались в связях с Оппенгеймером и Коммунистической партией. В тот же день военные проинформировали ФБР, что полностью берут на себя техническое и физическое наблюдение за Оппенгеймером. Еще до прибытия Оппенгеймера в Лос-Аламос туда под благовидным предлогом был внедрен целый ряд офицеров контрразведки сухопутных войск. Одного из них, Эндрю Уокера, приставили к Оппенгеймеру личным водителем и охранником. Уокер впоследствии подтвердил, что офицеры армейской контрразведки проверяли почту и звонки с домашнего телефона Оппенгеймера. В кабинете Оппи были установлены «жучки».