Изменения произошли и в нижней палате парламента — Государственной Думе. В январе 2000 г. четыре фракции Думы («Единство», КПРФ, ОВР, «Народный депутат») приняли «пакетное соглашение» о распределении между собой руководящий постов. Около половины думских комитетов и пост спикера палаты получили представители фракции КПРФ. В 2001 г., после того как коммунисты выступили с резкой критикой долгосрочной программы социально-экономических реформ, предложенной Центром стратегических разработок во главе с Г. Грефом («программы Грефа»), «пакетное соглашение» было пересмотрено. Фракция КПРФ лишилась большинства комитетов. В знак протеста руководство компартии приняло решение отозвать своих представителей со всех руководящих постов в Думе.
Правительственная реформа.
В конце февраля 2004 г. за недостаток персональной ответственности, оперативности, амбициозности было отправлено в отставку правительство М. М. Касьянова.Президент В. В. Путин кардинально изменил структуру правительства. В 2004–2005 гг. была создана трехзвенная система федеральных органов исполнительной власти: министерства, агентства и службы. Новая структура правительства стала подобна пирамиде, вершина которой — министерства, число которых было сокращено с 30 до 17. Сокращение числа министерств компенсировалось значительным количеством федеральных агентств и служб, которые были обязаны реализовывать практическую работу по обеспечению правоприменительной функции, управлению государственным имуществом и оказанию государственных услуг. Министерства сосредоточились только на определении стратегии развития того или иного сектора экономики. На министров в новом правительстве возложили всю ответственность за проведение политики в своих отраслях.
С 24 февраля по 4 марта 2004 г. временно исполнял обязанности председателя правительства В. Б. Христенко. В начале марта 2004 г. президент с согласия Государственной Думы назначил главой правительства М. Е. Фрадкова. В сентябре 2007 г. правительство возглавил В. А. Зубков.
Закон о политических партиях
. В 2001 г. Государственная Дума приняла закон «О политических партиях», а в 2002 г. его новый вариант. Он был направлен на то, чтобы поднять значение политических объединений в общественной жизни страны, усилить их влияние, максимально сократив количество действующих партий, а остальные значительно укрупнить. Закон установил для партий «членский барьер», обязательное представительство в регионах и предоставлял им финансовую помощь государства.В 2002 г. в России было официально зарегистрировано 46 партий, в том числе партия «Единая Россия», созданная путем слияния «Единства» и ОВР. Политологи назвали ее «партией власти». В декабре 2002 г. Высший совет партии возглавил Б. Грызлов. В 2007 г. зарегистрированных партий осталось 15, в их числе партия «Справедливая Россия: „Родина“/Пенсионеры/Жизнь», созданная в 2006 г. путем объединения трех партий: «Родина», Российской партии «Жизнь» и Российской партии Пенсионеров. Лидером партии стал С. М. Миронов, председатель Совета Федерации.
Борьба с терроризмом.
В 2000–2002 гг. продолжалась начатая в 1999 г. антитеррористическая акция в Чечне. Боевики были вытеснены из населенных пунктов в горы. В Чеченской республике российское правительство создало администрацию по установлению конституционного порядка. В 2003 г. была принята конституция республики, на ее основе были созданы новые органы власти, избран президент Чеченской республики.Однако боевики не смирились с поражением. Используя иностранную помощь, они продолжили политику террора, взрывая жилые дома и другие объекты, захватывая в плен заложников. В 2002 г. они взорвали жилой дом в г. Волгодонске, дом правительства в г. Грозный, напали на демонстрацию 9 мая в г. Каспийске. Особенно бесцеремонным был захват около тысячи заложников в театральном центре на ул. Дубровка в Москве. Угрожая взорвать здание, боевики требовали вывода федеральных войск из Чечни и возвращения к «Хасавюрту». Правительство России не пошло на уступки, которые поощрили бы бандитов. Была проведена спецоперация, в ходе которой почти все террористы были уничтожены и погибло 129 заложников. Теракты продолжились в 2003–2004 гг. Их жертвами все чаще становились жители и гости Москвы. В феврале 2004 г. террористы-смертники взорвали поезд московского метро. 9 мая 2004 г. взрыв на стадионе в г. Грозном унес жизнь Президента Чеченской республики А. Кадырова. В августе 2004 г. террористы взорвали два самолета, совершили теракт у метро «Рижская» в Москве. 1 сентября того же года они захватили школу в городе Беслане (Северная Осетия). Трагедия унесла жизнь 330 человек, главным образом детей.