Сантандер обратился к конгрессу с просьбой рассмотреть вопрос о законности получения Боливаром ассигнований для похода в Перу. Как Сантандер и предполагал, конгресс не только признал незаконным требование Боливара об ассигнованиях, но и лишил его самого звания главнокомандующего колумбийскими войсками в Перу. Таким образом президент Колумбии лишился официального военного статуса.
Узнав об этом, Боливар обратился к конгрессу со словами: «Я прошу принять мою предыдущую просьбу об отставке. И сообщу всем о ваших интригах против меня». Сукре и его офицеры отказались принять отставку Боливара. Сантандер, находившийся в Новой Гранаде, никак не мог этому воспрепятствовать.
Боливар вынужден был распрощаться со своей возлюбленной и спуститься с гор на побережье. Сукре предполагал, что испанцы тоже покинут горы и через Арекипу двинутся на побережье. Боливар считал такое развитие событий маловероятным. Он оказался прав: это был всего лишь обманный маневр. Роялисты на самом деле решили выступить из Куско и зайти в тыл войск Сукре, отрезав ему пути отступления на север. Однако Сукре разгадал намерения испанцев и тут же отступил, сумев избежать нападения с фланга. Отступающего Сукре преследовала испанская армия, превосходившая его численно. Испанцы пытались навязать Сукре боевые действия на невыгодной для него горной местности. Сукре же решил поиграть с испанцами в кошки-мышки: он осторожно отступал по горному хребту. Однажды, чтобы избежать засады, его солдаты всю ночь шли в полной темноте.
Испанцы шли по горной местности и страдали от холода и голода. Миллер писал: «Наместник не хотел посылать солдат на поиски скота, опасаясь массового дезертирства. Роялисты быстро продвигались вперед, но они страдали от недостатка продовольствия больше, чем патриоты, поэтому вынуждены были есть лошадей, мулов и ослов».
Голодные испанские солдаты, однако, гораздо легче переносили условия высоты, и Сукре едва поспевал за ними. Боливар дал ему указание любой ценой избегать боевых действий с роялистами. Измотанная постоянной гонкой, 6 декабря армия Сукре разбила лагерь возле деревни Киноа, недалеко от равнины Айякучо.
Тем временем роялисты заняли стратегически важные высоты Кондорканка, что в переводе с индейского наречия означает «достойные кондоров». Несмотря на численное превосходство испанцев, Сукре и его офицеры решили принять бой, который теперь казался неизбежным.
Спустившись на побережье, где обязанности командующего во время его отсутствия исполнял Урданета, Боливар узнал, что Паэс наконец-то послал своих людей к нему на помощь. Четыре с половиной тысячи человек шли на Лиму. Узнав о приближении Паэса, маркиз де Торре Тагле вместе с вероломными происпански настроенными грандами скрылся в крепости Кальяо.
7 декабря Боливар прибыл в Лиму. Некогда цветущий город теперь был в запустении. С тех пор как Лиму покинул Боливар, городом управлял бригадный генерал Рамирес, которого за особо жестокий нрав прозвали перуанским Робеспьером. В окрестностях монастыря Ла-Мерсед он развлекался тем, что обезглавливал молодых жителей Лимы только за то, что они носили «республиканские» головные уборы. Пустынные улицы города заросли травой. Люди боялись покидать свои дома: кругом сновали свирепые патрули Рамиреса или банды мародерствующих патриотов. Появление Боливара в Лиме было встречено с радостью. Люди умоляли его не уводить армию в горы, а остаться в городе для поддержания порядка.
9 декабря 1824 года в 10 часов утра армия патриотов под командованием Сукре и испанская армия наместника Ла Серны начали сражение, которое должно было решить судьбу Латинской Америки. Правым флангом роялистов командовал Вальдес, лучший из испанских генералов. Генерал Моне расположил свои войска на склонах гор, спускающихся к равнине. Это была центральная позиция роялистов. Левый фланг занимали испанские резервисты под командованием маршала Гонсалеса. Напротив них расположились перуанские войска генерала де Ла Мара, кавалерийские и пехотные дивизионы Хосе Марии Кордовы, самого молодого генерала патриотов, и резервисты генерала Лары.
Испанцы занимали более сильную позицию. Они начали наступление. Вальдес считал, что перуанская армия де Ла Мары — самое слабое место патриотов, и решил атаковать ее своими хорошо обученными войсками. У испанцев было одиннадцать пушек, у патриотов — всего одна. У роялистов было девять тысяч триста солдат, у патриотов — всего пять тысяч восемьсот. Так началось одно из самых значительных сражений в истории Южной Америки.
Огонь испанских пушек и винтовок посеял панику в рядах армии де Ла Мары. Он пытался поддержать дух своих людей и послал за подкреплением в центр. Испанцы просчитали такой ход событий. Они планировали атаковать центральные позиции патриотов как раз тогда, когда оттуда будут посланы подкрепления де Ла Мару.
Моне приказал своим солдатам спускаться вниз со склонов гор, прежде чем придет подкрепление из центра. Сукре воспротивился — он считал, что им следует оставаться на месте, сражаться в окружении и не ждать никакого подкрепления.