Албукерки стремился завоевать Ормуз не только ради его несметных богатств, но прежде всего из-за господства этого города над Персидским заливом, который служил второй торговой дорогой между Востоком и Западом. Захватить Ормуз – это значило окончательно отрезать для Венеции и Египта морской путь в Индию. Не говоря ничего о своих планах капитанам флотилии, которые не рискнули бы напасть на Ормуз небольшими силами, Албукерки вошел в Оманский залив, и вскоре огромный город, построенный на скалистом острове, предстал перед португальцами во всем своем великолепии. Гавань Ормуза была переполнена многочисленными судами, причем многие из них были снабжены орудиями. Судя по всему, Ормуз располагал большим и хорошо подготовленным гарнизоном.
Капитаны кораблей попытались было отговорить Албукерки нападать на этот укрепленный город и советовали ему не рисковать престижем португальского оружия. Но Албукерки ответил, что действительно «дело очень серьезное, но отступать уже поздно и теперь ему нужна решительность, а не добрые советы».
Как только якорь коснулся дна, Албукерки послал ормузскому шаху ультиматум, требуя, чтобы Ормуз признал верховную власть португальского короля и подчинился бы его наместнику, если не желает подвергнуться участи Маската.
Шах Сейф-Эд-дин, царствовавший тогда в Ормузе, не достиг еще совершеннолетия, и от его имени правил первый министр Ходжа-Атар, искусный и хитрый дипломат.
Не отвергая окончательно требований Албукерки, Ходжа-Атар просил его подождать несколько дней, решив таким образом выиграть время и собраться с силами. Но Албукерки легко разгадал его замысел и по истечении трех дней внезапно напал со своими шестью судами на ормузский флот. Бой продолжался несколько дней, и в конце концов перевес перешел на сторону португальцев. И на этот раз их выручило превосходство в артиллерии. Когда персы увидели, что счастье им изменяет, они покинули свои корабли и бросились вплавь к берегу. Преследуя противника, португальцы проникли в город, подожгли его в нескольких местах и устроили жестокую резню.
Убедившись в невозможности дальнейшего сопротивления, Ходжа-Атар поспешил принять все условия Албукерки: ормузский шах признавал себя вассалом Португалии и обязывался выплачивать ежегодно победителям большую дань. Кроме того, португальцы получили право построить в Ормузе крепость и основать факторию.
Но Албукерки оказался не в состоянии удержать за собой Ормуз. Среди португальцев начались разногласия. Некоторые капитаны, в том числе и Жуан да Нова, считавшие, что Албукерки нарушил инструкции короля Мануэла, самовольно отделились от капитан-командира и отправились на своих кораблях в Индию. После их измены Албукерки вынужден был покинуть Ормуз и отказаться от важнейшего опорного пункта, завоеванного у входа в Персидский залив.
Пока Албукерки продолжал крейсировать в Аравийском море, Жуан да Нова и стоявшие на его стороне капитаны присоединились у Кочина к эскадре Алмейды. Чтобы оправдать свою измену, они обвинили Албукерки в серьезных злоупотреблениях. Желая устранить соперника, властолюбивый Алмейда поручил своим приближенным заняться сбором улик против Албукерки. Но в это время из Лиссабона был получен приказ о назначении Албукерки вице-королем. Тем не менее Алмейда отказался передать ему власть и, как только Албукерки прибыл в Кочин, приказал заковать его в кандалы. Трудно сказать, чем бы кончилось это дело, если бы из Португалии не прибыл с чрезвычайными полномочиями маршал Фернан да Коутаньо. Он подтвердил назначение Албукерки вице-королем и сообщил, что явился с поручением разрушить Каликут и окончательно обезвредить саморина. Поскольку каликутского властителя не было тогда в столице, маршал распорядился немедленно приступить к карательной операции.
Албукерки, зная, что португальцы сильны только на море, старался отговорить Коутаньо от этого безумного шага, но уговоры не подействовали, и он вынужден был скрепя сердце подчиниться королевскому приказу.
Португальцы ворвались в Каликут и проникли во дворец саморина. Пока они грабили дворец, радуясь своей легкой победе, их со всех сторон окружили арабы и индийцы, заставившие португальских солдат сражаться в узких проходах. Одним из первых погиб в этом бою маршал Коутаньо, а тяжело раненного Албукерки с большим трудом удалось доставить на корабль.