Оправившись после ранения, новый вице-король приступил к осуществлению своих планов завоевания Индии и прилегающих территорий с выгодными стратегическими позициями. Узнав о том, что город Гоа, столица могущественного царства, стал ареной политической и религиозной борьбы, Албукерки решил овладеть этим богатым торговым центром, расположенным на острове, немного выше Малабарского берега. Из Гоа шли торговые пути в Декан и другие индийские государства. Это было самое удобное место для основания колонии. В январе 1510 года Албукерки остановился возле Гоа с флотилией из двадцати трех кораблей. Город сдался почти без всякого сопротивления. Вице-король сделал его своей столицей, крепостью и центром торговли Португальской империи с Индией.
Но торжество Албукерки было недолгим. Всего через два месяца после взятия города его прежний правитель Адиль-Хан осадил Гоа с шестидесятитысячной армией и вынудил португальцев искать спасения на кораблях. В это время дули муссоны, и корабли Албукерки не могли обогнуть отмель и выбраться в открытое море. Корабли превратились в форты. Запасы вскоре иссякли, и португальцы, находясь близ цветущего берега, голодали и болели цингой.
В августе, когда муссоны прекратились, корабли Албукерки покинули Гоа, но только для того, чтобы вернуться сюда в ноябре с большими силами и снова захватить город. В течение трех дней в Гоа не прекращались убийства и грабежи. Португальцы вырезали всех мусульман без различия пола и возраста. Торжествующий Албукерки сообщил в своем донесении королю Мануэлу, что за эти три дня в Гоа было убито шесть тысяч мужчин, женщин и детей.
Вторично завоевав город, Албукерки решил прочно здесь обосноваться. Он приказал построить крепость, церковь, судостроительную верфь, чеканил монету, выделял португальским поселенцам лучшие дома и рекомендовал жениться на местных женщинах, надеясь таким образом усилить влияние португальцев в Индии.
Энергичная деятельность Албукерки встречала упорное сопротивление со стороны его многочисленных завистников и недоброжелателей, которые делали все возможное, чтобы очернить его перед королем Мануэлом.
Между тем покой португальского короля смущали рассказы мореплавателей о полулегендарных островах пряностей, расположенных где-то к востоку от Цейлона. Владея факториями на Малабарском берегу, португальцы находились, однако, еще далеко от тех стран, где растут мускатный орех, гвоздика, перец, корица и другие специи, ценившиеся в то время в Европе чуть ли не на вес золота. В Индии эти пряности доставались португальцам из вторых и третьих рук. Поэтому Мануэлу не терпелось найти дорогу к этим вожделенным Islas de la especeri (Островам пряностей). Ради этого была снаряжена экспедиция во главе с Диогу Лопишем да Секейрой
, вышедшая 5 апреля 1508 года с четырьмя кораблями из Лиссабона. Среди спутников Секейры был молодой офицер Фернанде Магальянш, тот самый великий Магеллан, которому суждено было впоследствии совершить первое кругосветное плавание.Прибыв в августе 1509 года в Кочин, Секейра направился отсюда в Бенгальский залив, а затем прошел мимо Никобарских островов. 11 сентября португальцы вошли в малаккскую гавань, заполненную бенгальскими, малайскими, яванскими, китайскими, японскими, сиамскими лодками, ладьями, яликами и джонками. В этом крупнейшем торговом центре Востока португальцы встретили настоящее вавилонское столпотворение рас, племен и наречий. Огромный город был разделен рекою на две части. В северной половине находились кварталы иностранных купцов, в южной – каменные особняки богачей и малайской знати, белый дворец султана и главная мечеть.
В то время в Малакке насчитывалось свыше ста тысяч жителей. Индия, Китай, острова Зондского архипелага и многие другие страны вели с Малаккой оживленную торговлю. Отсюда товары развозились извилистыми путями во все страны Азии, в Африку, Египет и Европу.