И. Г. Щегловитову вменялись в вину почти полтора десятка пунктов различных деяний. В частности, он обвинялся в том, что усилил степень уголовной репрессии по политическим делам; содействовал введению военно-полевых судов после разгона I Государственной думы и попустительствовал, после их упразднения, передаче военно-окружным судам дел о политических преступлениях; неуклонно требовал, путем прямого давления и циркулярных предложений, от чинов своего ведомства вынесения обвинительных приговоров, «видя в этом одно из наиболее сильных средств борьбы с революционным движением
», угрожая лицам, выносившим мягкие и оправдательные приговоры, репрессиями до увольнения со службы включительно; не останавливался в борьбе с революционными партиями и освободительным движением перед созданием искусственных и инсценированных процессов; отвергал и не допускал смягчения участи либо помилования осужденных, причастных к революционным партиям; потворствовал тем организациям, которые своею деятельностью мешали революционному движению; попустительствовал истязаниям и пыткам, имевшим место в охранных отделениях над политическими заключенными; покрывал политические убийства заключенных под видом попыток их к побегу; ухудшил положение политических заключенных в тюрьмах и в особенности в местах отбывания каторжных работ; ходатайствовал о смягчении участи бывших палачей и уличных погромщиков и поощрял всеми мерами разжигание «темных инстинктов среди населения» путем натравливания его на евреев и т. п.Мария Фёдоровна Щегловитова после перевода мужа в Москву, переодевшись «простой бабой», с трудом добралась до столицы. Здесь ее приютила подруга, бывшая до революции начальницей гимназии. Она продолжала неустанно хлопотать за мужа, добиваясь его освобождения. Прочтя в газетах сообщение о том, что Революционный трибунал прервал свою деятельность на «неопределенное время», она написала письмо во ВЦИК, в котором выразила обеспокоенность оттягиванием суда над И. Г. Щегловитовым. Она писала, что за 16 месяцев заключения (из них один год в крепости) ее муж дважды заболевал «психическим расстройством» и теперь опять «близок к нервному срыву». «Обяжите его и меня какой угодно подпиской и поручительством (комиссия Муравьёва на это согласилась и освободила мужа под мое поручительство, но большевистская власть его не выпустила из крепости), и вы можете быть уверены, что мы их выполним,
— писала М. Ф. Щегловитова. — Политикой мой муж никогда не занимался, ни в каких собраниях или заседаниях не участвовал и, конечно, впредь заниматься ею не будет, потому и в никакой „контрреволюции“ неповинен… С его принципами скрываться он не будет и по первому же требованию явится в суд».В августе 1918 года, незадолго до суда, И. Г. Щегловитова и некоторых других сидевших в Бутырках бывших царских сановников перевели в Кремль, где обычно заседал Революционный трибунал. Там их содержали в подвальном этаже здания бывших Московских судебных установлений, в помещении для курьеров.