Писем на это обращение поступило немало; некоторые сообщения послужили основанием для официального предъявления обвинения бывшему министру.
Первое обвинение И. Г. Щегловитову было предъявлено следователем В. В. Соколовым 3 июня 1917 года по статье 362 Уложения о наказаниях (преступление по должности). Затем ему предъявляли обвинение 27 и 28 июня, 3 августа, 12 и 13 сентября 1917 года. Он обвинялся, например, в том, что допустил фальсификацию по делу Бейлиса, что во всеподданнейших докладах императору по некоторым делам умышленно искажал факты, что незаконно увольнял и перемещал лиц судебного ведомства, и в других преступлениях по должности.
И. Г. Щегловитов активно защищался. Не отрицая некоторых фактических обстоятельств, он тем не менее не признавал себя виновным. 25 августа 1917 года он подал обстоятельное заявление в Чрезвычайную следственную комиссию, в котором обжаловал действия следователей и оспаривал правильность юридической квалификации вменяемых ему деяний. Кроме того, он жаловался на то, что ему, в нарушение закона, с момента ареста не выдают жалованье. «
Чрезвычайная следственная комиссия оставила «без последствий» заявление И. Г. Щегловитова в части обжалования им действий следователей, а в части, касающейся выдачи ему жалованья, направила на рассмотрение Временного правительства.
И. Г. Щегловитов после ареста содержался в Трубецком бастионе Петропавловской крепости, в камере № 45. Со времени ареста и до 23 марта он, как писал старший врач крепости Серебрянников, не проявил «в своей обычной мыслительной жизни каких-либо уклонений или изменений». Он всегда с нетерпением ожидал свиданий с женой, Марией Фёдоровной, и дочерью, Анной Ханенко, которые ему регулярно предоставлялись. Однако 21 марта их в крепость почему-то не пропустили. На И. Г. Щегловитова это произвело крайне тяжелое впечатление. Он истолковал отказ в свидании в том смысле, что с женой и дочерью случилось несчастье, что они, возможно, даже убиты. Это так подействовало на Щегловитова, что у него начались слуховые галлюцинации. После того как 28 марта свидание с родными ему разрешили, он немного успокоился. 4 апреля он вновь встречался с женой и дочерью, а на следующий день галлюцинации повторились. Врач Серебрянников, наблюдавший Щегловитова, отметил, что он «
Комиссия, получив заключение врача Серебрянникова, сочла необходимым провести И. Г. Щегловитову более детальное медицинское обследование. 31 мая 1917 года в присутствии коменданта крепости его освидетельствовали доктора А. А. Карпинский и И. И. Манухин. В своем заключении они отметили, что у И. Г. Щегловитова «