Некий секретный агент после процесса доносил своему начальству о слухах, ходивших по Петербургу: «Многие указывают на несостоятельность нашей прокуратуры, на разнузданность защиты при слабости председателей, не умеющих руководить прениями, и на недостаточную подготовку народа к непогрешимому выполнению задачи суда присяжных
».Встретив А. Ф. Кони после суда, граф Пален смог только заметить: «Ну вот, видите, каковы они, ваши присяжные! Ну, уж пусть теперь не взыщут, пусть не взыщут!
» В тот же день министр юстиции дал распоряжение на имя прокурора С.-Петербургской судебной палаты Лопухина: «Государь император 31 сего марта Высочайше повелеть соизволил дочь отставного капитана девицу Веру Ивановну Засулич взять под стражу и содержать ее в доме предварительного заключения впредь до особого распоряжения. Прошу ваше превосходительство сделать распоряжение о немедленном приведении такой Высочайшей воли в исполнение». Арестовать Засулич властям не удалось. Она надежно укрылась у своих товарищей, а затем эмигрировала.Вскоре после окончания процесса началась самая настоящая травля А. Ф. Кони. Через несколько дней после суда Пален пригласил его к себе, говорил с ним раздраженно, упрекал в «вопиющем нарушении обязанностей», в «оправдательном резюме» и т. п. В заключение сказал: «Уполномочьте меня доложить государю, что вы считаете себя виновным в оправдании Засулич и, сознавая свою вину, просите об увольнении от должности председателя
». Кони ответил, что он «не согласен ни на какие компромиссы».Товарищи прокурора Жуковский и Андреевский, отказавшиеся поддерживать обвинение по делу Засулич, были немедленно уволены со службы.
Обстановка, сложившаяся после оправдания Засулич, обсуждалась в Совете министров, проходившем под председательством Александра II. На нем граф Пален по существу отдал Кони «на растерзание без малейшей попытки сказать хоть слово в разъяснение роли председателя на суде присяжных
». Он лишь заявил, что «не отвечает за своих судей». Затем он внес даже предложение «взвалить дела подобного рода» на военные суды, но Совет министров отказался от такого шага.Министр П. А. Валуев также пытался доказать, что Кони — главный виновник оправдания Засулич. Единственным человеком, не разделявшим поспешных обвинений против Кони, был военный министр Д. А. Милютин.
Уволить А. Ф. Кони, пользовавшегося правом несменяемости, не решились. Однако судьба графа Палена была фактически предрешена. Государственный секретарь Е. А. Перетц утверждал, что Александр II сказал великому князю Константину Николаевичу, что Пален «увольняется за небрежное ведение дела В. Засулич
». А. Ф. Кони описывает отставку графа Палена несколько иначе: «Конец министерства Палена наступил вскоре. Государственный совет согласился с его проектом об ограничении компетенции присяжных, но отверг проект о подчинении адвокатуры, причем ему пришлось выслушать немало неприятных вещей. Тогда в нем проснулось чувство собственного достоинства, временно заглушенное желанием удержать портфель, и он совершил то, что для русского министра было равносильно подвигу: подал в отставку».Некоторые сотрудники министерства, возмущенные расправой с товарищами прокурора Жуковским и Андреевским, хотели демонстративно уехать с «прощального приема», устроенного графом, но Кони с трудом уговорил их «остаться отдать последний долг сошедшему со сцены с редким достоинством министру». Прощание было холодное, граф Пален что-то говорил о «смутном времени».