Комиссия выехала из Петербурга 19 мая, а 25 уже прибыла в Иркутск. Здесь в ее состав вошли новые члены: штаб-офицер при командующем войсками Иркутского военного округа подполковник Смирнов, начальник отделения Иркутской казенной палаты Саросек, товарищи прокурора Иркутского окружного суда Кадышевский и Колесников и заведующий Пастеровской станцией Забайкальской железной дороги доктор медицины Червенцов.
Двадцать девятого мая С. С. Манухин и члены его комиссии покинули Иркутск и 4 июня прибыли на место.
Первым делом Манухин предпринял попытку прекратить забастовку. По его указанию на прииске были развешаны объявления, призывающие людей выйти на работу и тем самым «облегчить расследование». Сам Манухин в разговоре с членами правления «Лензото» признался, что обращение к рабочим с просьбой начать работу, хотя бы временно, было с его стороны тактическим шагом, так как он «
Однако рабочие вначале на эту уловку не попались. Тогда в уговоры активно включились адвокаты. Рабочий И. Кудряшов вспоминал впоследствии: «
10 июня работа на приисках возобновилась. Комиссия Манухина предложила выработать новый договор администрации с рабочими. Вскоре проект был готов, но рабочие отказались его подписывать и потребовали своего вывоза из края. Манухин и администрация «Лензото» вынуждены были принять это предложение. Эвакуация рабочих с приисков началась 4 июля и продолжалась в течение месяца. К 5 августа Ленский край покинули свыше 8 тысяч рабочих с семьями. Перед отъездом рабочим дважды пытались навязать принятие резолюции о «вынесении благодарности» Манухину за расследование и просить его «повергнуть к стопам монарха верноподданнические чувства». Однако это предложение большинством было решительно отвергнуто.
За время своей работы Комиссия Манухина собрала огромнейший следственный материал — несколько десятков томов. Здесь были документы по истории Ленского золотопромышленного товарищества, о его финансово-экономической и производственной деятельности, сведения о начале и ходе забастовки, об условиях найма рабочих, расценках, заработной плате, бытовом, медицинском, продовольственном обеспечении населения края и др. Комиссия изучила также все материалы о привлечении рабочих к судебной и административной ответственности, о штрафах и взысканиях (производства мировых судей, прокурорского надзора и т. п.). Были собраны многочисленные заявления и жалобы рабочих на обсчеты при выдаче заработной платы, на плохие условия труда, антисанитарное состояние жилищ, снабжение недоброкачественными товарами. Комиссия допросила сотни лиц, так или иначе причастных к забастовке и расстрелу рабочих: членов правления «Лензото», рабочих, служащих, членов их семей, офицеров и солдат воинской команды.
Председатель Комиссии С. С. Манухин работал очень интенсивно, лично беседовал с рабочими, изучал материалы, вел большую переписку с председателем Совета министров, Министерством юстиции и другими ведомствами по всем возникавшим вопросам. Однако должной решительности по привлечению к уголовной ответственности виновников расстрела рабочих он не принял, что значительно снизило эффективность проведенных мероприятий и вызвало справедливое недоверие к нему со стороны рабочих.
Комиссия Манухина покинула Ленские прииски 5 июля и продолжала свою работу в Иркутске. Там сенатор вынес постановление о возбуждении уголовного преследования в отношении жандармского ротмистра Н. В. Трещенкова по обвинению его «в преступном бездействии и превышении власти». От своей должности он был освобожден еще иркутским генерал-губернатором Князевым, как только последний узнал о выезде в Ленский край правительственной комиссии.