К этому времени от иркутского генерал-губернатора и прокурора Иркутской судебной палаты поступили телеграммы, которые давали совершенно иную окраску всему делу. Министр торговли Тимашев также получил от окружного горного начальника Тульчинского донесение, прямо оправдывавшее рабочих и обвинявшее во всем случившемся администрацию приисков и ротмистра Трещенкова.
Учитывая разноречивость поступивших сведений, а также для того, чтобы «
Для производства следствия Коковцову предлагали назначить кого-либо из приближенных к императору людей. Однако он остановил свой выбор на С. С. Манухине. Позднее Коковцов писал об этом следующее: «
Однако при докладе председателем Совета министров Коковцовым этого вопроса 22 апреля 1912 года император неожиданно охотно согласился с кандидатурой Манухина. При этом он выразился так: «
По особому высочайшему повелению от 27 апреля 1912 года на С. С. Манухина было возложено производство расследования всех обстоятельств забастовки на Ленских приисках, а также причин, вызвавших забастовку.
Ему была дана специальная Инструкция, подписанная председателем Совета министров В. Н. Коковцовым и утвержденная Николаем II. В ней предусматривалось, что Манухину предоставлено право требовать от всех правительственных, как находящихся в Петербурге центральных, так и местных учреждений, и должностных лиц, а также от судебных учреждений, контрольных и казенных палат, почтово-телеграфных установлений, жандармских управлений и охранных отделений, кредитных учреждений и всех торговых и промышленных предприятий (в том числе общественных и частных) предоставление необходимых сведений и дел.
Он мог производить обзор деятельности всех учреждений и лиц, имеющих отношение к золотым приискам вообще и к Ленским, в частности, требовать объяснений от всех должностных и частных лиц, производить ревизии и т. п.
Манухину было предоставлено право отменять наложенные местной властью административные взыскания, вносить в Правительствующий сенат представления об отмене общих приказов и распоряжений иркутского генерал-губернатора. Он мог личной властью возбудить уголовное преследование, устранить или удалить от должности, а равно предать суду должностных лиц гражданского ведомства, занимающих должности не выше IV класса и т. д.
Свои выводы Манухин обязан был представить лично императору Николаю II.
Комиссия Манухина выглядела очень впечатляюще. В нее входили член Консультации, исполняющий обязанности обер-прокурора уголовного кассационного департамента сената Носович, член горного комитета Митинский, старший фабричный инженер Киевской губернии Горбунов, помощник статс-секретаря Государственного совета Елачич, член С.-Петербургского окружного суда Коренев, товарищи прокурора этого же суда Цвилинский и Смирнов, исполняющий должность судебного следователя при прокуроре С.-Петербургской судебной палате Кишинский. В Комиссии были также несколько присяжных поверенных, в том числе и будущий руководитель Временного правительства А. Ф. Керенский.