В январе 1879 года под председательством Кони в Санкт-Петербургском окружном суде слушалось дело Юханцева о растрате двух с половиной миллионов рублей Общества взаимного кредита. Процесс был трудный и шел уже несколько дней. Набоков лично пришел в суд, чтобы послушать резюме председателя. 25 января, когда перед самым своим выступлением Кони шел в зал, судебный пристав подал ему записку, в которой сообщалось, что умирает его отец, долго и тяжело болевший. Отложить заседание Кони не мог. От волнения он даже изменился в лице. Это заметил Набоков, который спросил, что случилось. В ответ Анатолий Фёдорович молча подал ему записку и открыл заседание. Когда он закончил свое двухчасовое резюме и отпустил присяжных совещаться, Набоков был неузнаваем. Вот как описывает это событие сам Кони: «
В октябре 1881 года, когда Кони находился за границей на лечении, он неожиданно получил телеграмму от министра юстиции Д. Н. Набокова с предложением занять пост председателя департамента столичной судебной палаты. Обоснованно полагая, что речь может вестись только об уголовном департаменте, и не чувствуя никакого подвоха, он согласился. Однако когда он прибыл в Санкт-Петербург, то с удивлением узнал, что 21 октября состоялось его назначение в гражданский департамент. Кони был настолько обескуражен этим, что даже подумывал об отставке. Министру юстиции стоило больших трудов отговорить его от такого шага. Гражданскими делами Кони никогда раньше не занимался, поэтому, будучи исключительно добросовестным юристом, он почти сутками находился на работе, вникая во все тонкости договоров, обязательств, права наследования и собственности и т. п., и вскоре почувствовал себя вполне теоретически подготовленным к гражданскому судопроизводству.
И все же гражданские дела — это не уголовные. Однообразие практики стало его утомлять, а «старики», сидевшие в департаменте, «застывшие в рутине и болезненно самолюбивые», действовали на него удручающим образом. В 1883 году за отличие по службе он был произведен в действительные статские советники. Но даже это радовало мало. Деятельной натуре сорокалетнего юриста нужен был простор. Масло в огонь подливали друзья, которые уговаривали Кони оставить службу и уйти в адвокатуру, намекая, что министерство, отняв у него «живое слово», обрекло его способности на «преждевременное увядание».
Министр юстиции Д. Н. Набоков не забыл своего обещания при случае перевести Кони вновь на уголовные дела. В конце 1884 года он внес императору предложение о назначении Кони обер-прокурором Уголовного кассационного департамента Правительствующего сената. Когда об этом стало известно обер-прокурору Святейшего Синода К. П. Победоносцеву, он немедленно обратился с письмом к Александру III. «