Впоследствии он так писал об этом: «
В январе 1907 года Кони становится членом Государственного совета. В этой должности он пребывал до мая 1917 года. В 1910 году ему был присвоен чин действительного тайного советника. Он был удостоен еще нескольких высоких российских орденов, включая орден Святого Александра Невского (1915 год).
Одновременно с ответственной служебной и преподавательской работой Анатолий Фёдорович Кони много и плодотворно трудится на научно-публицистической и литературной ниве. Он выступал в печати с многочисленными статьями и судебными очерками, читал публичные лекции, которые неизменно собирали большую аудиторию. Круг его интересов был очень обширен, а тематика лекций, докладов, статей весьма разнообразна. У него были глубокие познания не только в юриспруденции, но и в вопросах литературы, искусства, медицины. Он читал лекции и писал статьи о писателях и поэтах: И. А. Гончарове, А. А. Апухтине, Ф. М. Достоевском, К. К. Павловой, И. С. Тургеневе, А. Ф. Писемском, А. Н. Островском, Л. Н. Толстом, В. Г. Короленко, артистах: М. Г. Савиной и И. Ф. Горбунове, судебных деятелях: Д. Н. Замятнине, Д. А. Ровинском, И. С. Зарудном, Н. А. Буцковском, Д. Н. Набокове, Г. Н. Мотовилове, В. Д. Спасовиче, А. М. Бобрищеве-Пушкине и еще многих других знаменитых современниках. Он заново открыл обществу полузабытого «неисправимого филантропа» доктора Фёдора Петровича Гааза, главного врача московских тюрем, который всеми силами стремился улучшить жизнь и быт заключенных, за что его прозвали «святым доктором». О нем он сделал блестящий доклад на годовом собрании юридического общества, а затем опубликовал биографический очерк отдельным изданием (1897 год), который до революции выдержал пять изданий.
В 1888 году Кони выпустил книгу — «Судебные речи (1868–1888)», выдержавшую несколько изданий. В 1896 году вышел другой труд Кони — «За последние годы. Судебные речи (1888–1896)». В 1906 году Кони собрал под одной обложкой свои публичные лекции, речи, статьи, заметки по несудебным вопросам, которые составили книгу «Очерки и воспоминания». В 1912–1913 годах вышли первые два тома его новой книги «На жизненном пути». Два последующих тома были выпущены в свет в 1922–1923 годах в Ревеле и Берлине, а пятый том — в 1929 году в Ленинграде. К 50-летию Судебных уставов им было подготовлено фундаментальное издание «Отцы и дети судебной реформы» (1914 год).
В апреле 1890 года Советом Харьковского университета А. Ф. Кони присвоена степень доктора уголовного права (по совокупности работ). В январе 1900 года его избрали почетным академиком Академии наук по разряду изящной словесности.
В 1901 году Академия наук наградила его Пушкинской Золотой медалью за критический разбор сочинения Н. Д. Телешова «Повести и рассказы», а затем еще трижды удостаивала его золотых медалей (в 1907, 1909 и 1911 годах) за рецензирование и разбор художественных произведений и активное участие в рассмотрении сочинений, присланных на конкурс.