Вопрос о привлечении к ответственности высших должностных лиц империи, в том числе министра путей сообщений, должен был решаться в Государственном совете. Особому совещанию, на котором дело докладывал А. Ф. Кони, предстояло решить вопрос, есть ли основания для передачи дела в департамент гражданских и духовных дел. За привлечение к ответственности высказались семеро человек, против — четверо. Результат рассмотрения дела в департаменте, по выражению Кони, был «поистине возмутителен». Все виновные отделались выговором даже без «внесения его в формуляр».
Кони писал, что он был «возмущен до боли», а Манасеин — «подавлен и сконфужен». Когда министр юстиции доложил императору о результатах обсуждения дела в департаменте Государственного совета, тот проговорил: «
Манасеин пояснил, что они будут преданы суду Харьковской судебной палаты. «
В 1894 году Кони выезжал в Одессу, где руководил следствием по делу о гибели парохода «Владимир», столкнувшегося в ночь на 27 июня недалеко от мыса Тарханкут с итальянским пароходом «Колумбия». В результате катастрофы погибли 76 человек. Суду были преданы капитаны судов: российского К. К. Криун и итальянского — Л. Пеше. Оба признаны виновными в столкновении и осуждены к тюремному заключению на четыре месяца.
В 1895 году кресло министра юстиции занял набиравший силу честолюбивый прокурор Н. В. Муравьёв. Свою деятельность он начал с грандиозного пересмотра Судебных уставов 1864 года. Анатолий Фёдорович как один из самых опытных юристов своего времени также был привлечен к работе комиссии. Здесь он отчаянно бился со всеми попытками Муравьёва покуситься на основные принципы судоустройства и судопроизводства, отстаивал суд присяжных, несменяемость судей и т. п. На этой почве между ним и министром сложились неприязненные отношения. В конце декабря 1896 года Кони вынужден был подать рапорт об увольнении с должности обер-прокурора уголовного кассационного департамента сената. Просьбу немедленно удовлетворили, а самому Кони велено было присутствовать в том же департаменте сенатором.
В 1900 году Анатолий Фёдорович окончательно распрощался с судебной деятельностью. Указом императора его перевели в общее собрание первого департамента сената. Тогда же он снова занялся педагогической деятельностью, заняв кафедру уголовного судопроизводства в Императорском Александровском лицее (до него кафедрой руководил профессор И. Я. Фойницкий).
Летом 1906 года П. А. Столыпин, ставший председателем Совета министров, задумал создать так называемый «кабинет общественных деятелей». Он предложил Анатолию Фёдоровичу войти в состав его правительства в качестве министра юстиции и генерал-прокурора. Вначале такое предложение поступило к Кони через П. А. Гейдена, а затем и лично от самого Столыпина. Вездесущие журналисты даже поспешили опубликовать в «Биржевых ведомостях» крупными буквами заголовок: «