После завершения дознания встал вопрос: где рассматривать дело? В военном суде или же в Особом Присутствии сената? Властям нужен был самый суровый приговор. Хотя Особое Присутствие иногда преподносило сюрпризы властям, вынося слишком «мягкие» приговоры, император распорядился рассмотреть дело в сенате. Роль председательствующего выпала сенатору П. А. Дрейеру. Это был человек независимый и обладавший довольно крутым характером. Одно время он служил председателем Московского окружного суда, затем был обер-прокурором сената и, наконец, стал сенатором, выполняя часто функции первоприсутствующего.
Яркую характеристику ему дал известный юрист Анатолий Фёдорович Кони. Он писал о нем: «
В бытность Дрейера обер-прокурором, сенаторы побаивались его, так как очень сложно было «парализовать его влияние», которое чаще всего было вредно. Вот такой судебный деятель и стал председателем по делу террористов.
Когда возник вопрос о назначении обвинителя по этому делу, то А. Ф. Кони, по собственному признанию, пережил «тяжелые минуты ожидания» того, что жребий падет на него и что «чувство служебного долга» поставит его в «невозможность отказаться от участия в этом судбище». Впоследствии он писал, что всегда являлся противником смертной казни вообще, «
Конечно, он не допускал возможности применения ее за политические преступления и в «особенности в форме отдаленного покушения или приготовления». Без всякого сомнения, если бы Кони был обвинителем по делу, то говорил бы о смягчении наказания «на несколько степеней».
Министр юстиции, генерал-прокурор Н. А. Манассеин, как опытный администратор, хорошо понимал А. Ф. Кони. Он ценил и уважал его и не хотел подставлять в таком ответственном процессе. Однако выбор у него был небольшой. Кроме А. Ф. Кони в Петербурге был еще обер-прокурор Общего собрания сената тайный советник Н. А. Неклюдов, но тот никогда ранее не выступал в качестве обвинителя.
И все же свой выбор Н. А. Манассеин остановил на Николае Адриановиче Неклюдове. Это был исключительно талантливый, разносторонний и «поразительной работоспособности» прокурор. В свое время он был «украшением петербургского мирового института». Математик по образованию, Неклюдов так легко и быстро освоил все премудрости юриспруденции, что по праву завоевал авторитет одного из лучших судебных деятелей. Он, например, составил превосходное «Руководство для мировых судей», переводил и издавал сочинения французского философа О. Конта, английских — Д.-Г. Льюиса и Д. Милля, подготовил оригинальную магистерскую диссертацию «Уголовно-статистические этюды». Оставив мировую юстицию, он перешел юрисконсультом в Министерство юстиции, а затем стал и обер-прокурором Общего собрания Правительствующего сената. По словам А. Ф. Кони, он «поднял это звание на большую высоту». К его мнению сенаторы всегда прислушивались.