Обвинительный акт был составлен И. Г. Щегловитовым 23 марта 1905 года. В нем было отмечено, что Каляев обвиняется в преступных деяниях, предусмотренных ст. 102-й (ч. 1 и 2) и 105-й Уложения о наказаниях уголовных и исправительных, то есть в том, что принимал участие в преступном сообществе, присвоившем себе наименование «боевой организации партии социалистов-революционеров», и в том, что 4 февраля 1905 года, в Москве, умышленно лишил жизни великого князя Сергея Александровича и причинил смертельные повреждения кучеру Рудинкину.
Дело слушалось в Особом Присутствии Правительствующего сената 5 апреля 1905 года. Председательствовал на процессе Дрейер. Членами были сенаторы Бобринский, Куровский, Звылянский, Ширинский-Шихматов, Варварин. В число сословных представителей входили Петербургский губернский предводитель дворянства Гудович, московский городской голова Голицын и Ямбургский волостной старшина. Обвинение поддерживал И. Г. Щегловитов.
Защищали И. П. Каляева присяжные поверенные М. Л. Мандельштам и В. А. Жданов. Заседание суда проходило при закрытых дверях. В зал не была допущена даже сестра подсудимого. Из публики присутствовали лишь его мать, человек 10 офицеров и еще несколько высших чиновников Министерства юстиции.
И. П. Каляева ввели в зал. Это был молодой человек среднего роста, худощавый и бледный; держался он исключительно спокойно и даже дерзко.
Когда, открывая процесс, председатель спросил его: «
На вопрос, признает ли он себя виновным, Каляев ответил: «
Объясняя мотивы убийства, Каляев утверждал, что Сергей Александрович был одним из видных «представителей реакции», виновником Ходынской катастрофы. При этом подчеркнул, что граф Пален, расследуя Ходынскую трагедию, сказал, что нельзя назначать безответственных людей на ответственные посты. Боевая организация должна была этого «
В своей обвинительной речи И. Г. Щегловитов говорил в основном о том, что принадлежность Каляева к партии социалистов-революционеров определяет, к чему стремится, чему верит Каляев. «
Присяжный поверенный В. А. Жданов произнес в защиту И. П. Каляева одну из лучших своих речей.
В последнем слове Каляев подчеркнул, что суд, которым он судится, не может быть истинным судом. Единственный суд, который может быть, это суд народный, суд истории.
В 3 часа пополудни был вынесен приговор. Каляев осуждался к смертной казни через повешение. Выслушав приговор, он заявил: