“Дело Дыбенко” вел весьма профессиональный морской следователь Фелицын, уже имевший немалый опыт в работе с революционными матросами в 1905–1906 годах. Судьба П.Е. Дыбенко теперь зависела исключительно от того, насколько принципиально отнесется правительство к мятежникам. Впрочем, Керенский идти до конца все же не решился. Через три дня он распорядился выпустить всех арестованных делегатов, кроме членов Центробалта. В отношении Дыбенко, Ховрина, Измайлова, Лооса, Крючкова, Разина и Берга было решено передать их «на рассмотрение судебной власти для формулирования обвинения». Заметим, что государство Временное правительство матросов до официального предъявления им какого-либо обвинения. Впрочем, за обвинением дело не стало и, уже спустя пять дней, военно-морской следователь подполковник Шубин закончил следствие и вынес постановление о передаче дела центробалтовцев в военный суд. Обвинения им было предъявлено весьма серьезные. Члены Центробалта обвинялись в государственной измене, которая выразилась в их противодействии отправке вооруженной силы в Петроград по требованию правительства и ВЦИК Советов и в самочинном приводе кораблей с боевых позиций в тот же Петроград, а так же в шпионаже в пользу германского генерального штаба. Обвиняемым грозила реальная смертная казнь.
7 июля Керенский, стремясь сохранить за собой инициативу, издал приказ по армии и флоту, в котором обвинил балтийцев в измене Отчеству. Персонально обвинялся Кронштадт, линкоры «Республика» и «Петропавловск». Одновременно приказ требовал распустить Цебнтробалт и немедленно его переизбрать. Так же Керенский требовал немедленного ареста и препровождения в столицу главных смутьянов с «Республики» и «Петропавловска».
Власти, пользуясь моментом, перешли в решительное наступление. Немедленно было запрещено распространение в действующей армии большевистских газет. Первый пулемётный полк был расформирован и отправлен на фронт, а его полковой комитет арестован. При этом часть солдат, разумеется, дезертировала.
Июльские события на какое-то время фактически привели к сворачиванию режима «двоевластия»: благодаря своим жестким методам в июле Временному правительству удалось на несколько месяцев оттеснить Совет. Что касается, эсеро-меньшевистского Петросовета, то он сразу же признал новый состав Временного правительства «правительством спасения революции».
В результате июльского кризиса было сформировано второе коалиционное правительство, возглавляемое А.Ф. Керенским, который при этом сохранил посты военного и морского министров. Состав правительства стал преимущественно социалистическим, в него вошли эсеры, меньшевики и радикальные демократы.
Что касается матросов, то, по мнению лидера партии конституционных демократов П.Н. Милюкова, именно матросы в июльских событиях были «зачинщиками движения». По мнению В. И. Ленина — наряду с казаками они — «две главные и особенно ясные группы». По мнению меньшевика Н.Н. Суханова именно матросы были «главной — не только технической, но, можно сказать, политической силой». Заметим — самостоятельной политической силой!
Уже 6 июля Временным Правительством была создана особая следственная комиссия для расследования восстания и привлечения виновных к ответственности. Согласно приказу Временного правительства, аресту подлежали: Ленин, Луначарский, Зиновьев, Коллонтай, Семашко, Парвус, Ганецкий и другие. Затем последовал арест и контр-адмирала Вердеревского “за невыполнение приказания министра”.
В ответ на приказ о роспуске Центробалта в Гельсингфорсе было немедленно собрано заседание Центробалта, в составе членов первого и второго созывов под председательством матроса-большевика А. Баранова. Оглашение приказа Керенского было встречено свистом, топотом ног и отборным матом. Приказ Керенского был расценен как попрание матросских прав и провокация.
Разумеется, что ни о каком выполнении требований Керенского не могло быть и речи. Особенно возмутило матросов обвинение их в шпионстве на Германию. Вышедшая на следующий день гельсингфорская газета «Волна» опубликовала передовицу по этому поводу: «Против наших идей окажутся бессильными все ваши каторжные законы. С полной и твердой верой в свою правоту и конечную победу мы повторяем: «Нас не запугаете!» Прокатились митинги и по кораблям, где возмущенные самоуправством» Керенского команды заявили, что никогда изменниками они не были, и, по-прежнему, будут защищать свои политические требования и полностью поддерживать Центробалт. Но дальше лозунгов у матросов на этот раз дело не пошло. Вскоре одна за другой были закрыты флотские газеты: в Гельсингфорсе «Волна», в Кронштадте «Голос правды», в Ревеле «Утро правды» и «Кийр». По воспоминаниям матроса-большевика В. Залежского в Гельсингфорсе из активных большевиков остался лишь он и агитатор Б. Жемчужин. Остальные поспешили переписаться в другие партии.