Главный „доводчик" на заволжского старца ушел с собора с позором, но у иосифлян была еще целая обойма лжесвидетелей и шпионов. В основном их состав поставил конечно же Троице-Сергиев монастырь. Его бывший игумен Иона донес, будто Артемий „говорил хулу о крестном знамении, будто нет в нем ничего…". Обвиняемый отрицал свою вину, но судьи постановили „в том верить Ионе", не привлекая других свидетелей!
Затем троицкий келарь Адриан Ангелов донес, будто Артемий говорил еретические речи в Корнилье-ве монастыре, в келье игумена Лаврентия: „Петь панихиды и обедни за умерших - в том помощи нет, тем они муки не избудут". Зная, что собор все равно постановит „верить Адриану" (даже не пытаясь расспросить Лаврентия), Артемий не удержался от объяснения своих взглядов, отличных и весьма опасных для позиции (и доходов!) официальной церкви. Он говорил „про тех, которые жили растленной жизнью и людей грабили, - что когда после их кончины начнут петь панихиды и обедни, Бог тех приношений не приемлет", такие злодеи не спасутся от мук! Собор постановил, что, отнимая у богатых мерзавцев надежду откупиться от Страшного суда (а у церкви - деньги), Артемий впадает в ересь и должен быть наказан.
Третий троицкий монах - Игнатий Курачов подал письменный донос о слышанных им рассуждениях Артемия про канон Христу и акафист богородице. Суть их, как пояснил Артемий (ибо из доноса ничего нельзя было понять), состояла в том, что многие молятся праздно, поют „Иисусе сладкий" - а исполнение Христовых заповедей считают горьким, поют „радуйся, чистая", - а сами чистоту не хранят. Это здравое рассуждение, почти буквально повторяющее мысли Максима Грека, послужило поводом к обвинению, что Артемий „про Иисусов канон и про акафист говорил развратно и хульно!".
Отводя все новые и новые обвинения, Артемий считал необходимым скрывать овои взгляды. Так, кирилловский игумен Симеон письменно донес царю, что, когда „Матвея Башкина поймали в ареси, Артемий молвил: „Не знаю, что такое ересь; сожгли Курицына и Рукавого, и ныне не ведают, почему сожгли!" На очной ставке Артемий отрекся от своих слов о казненных новгородских еретиках, но игумен Симеон представил свидетеля - монаха Никодима Брудкова. Артемий вынужден был сказать, что не помнит, „так ли про новгородских еретиков говорил; я-де новгородских еретиков не помню и сам не ведаю, за что их сожгли; наверное, я говорил, что это я не знаю причину сожжения и кто их судил, а не то, что они (судьи) не знали (за что казнят)".
Открывать собору в полной мере свои взгляды значило обречь себя на верную смерть. Артемий это отлично понимал и старался спасти себя и товарищей, многие из которых были схвачены и судимы на том же соборе (их „дела", к сожалению, не сохранились). Так, когда Артемия вели из Кремля в темницу, он увидел своего ученика монаха Порфирия, которого вели в другое место заключения. „Благослови, отче!" - воскликнул Порфирий, и Артемий, скрывавший связь с Порфири-ем, не мог отказать ему в благословении. Это было доложено собору и поставлено Артемию в большую вину, тем более что краткий разговор единомышленников оказался весьма многозначительным.
„Отстаивать ли мне крепко свои взгляды против судей?" - спросил учителя Порфирий. „Молчи, отче! - ответил Артемий. - Наше дело плохо, сейчас не время спорить, и я молчать готов". - „Я хочу все-таки стоять спорно", - сказал Порфирий. „Молчи!" - произнес Артемий, и узники разошлись.
Давая совет молчать, говоря, что ныне не время спорить, Артемий заботился прежде всего о товарищах. Об этом говорят два его обширных письма, написанных во время суда. Антиеретический собор длился долго, общение между подсудимыми сурово пресекалось, за ними тщательно следили. И все же, используя каждый удобный момент, закованный в кандалы и брошенный в темницу, старец урывками писал, ободряя и поддерживая товарищей по несчастью. Одно послание он адресовал группе заключенных, другое - сидящему отдельно человеку, надеясь, что они смогут обменяться этими „писанийцами". На случай, если это не удастся, Артемий повторял основные мысли в обоих посланиях.
Имен или каких-либо примет своих адресатов Артемий ни разу не назвал, но для него лично письма, превратившиеся постепенно в обширные трактаты, представляли смертельный риск. Заполучив эти письма, освященный собор, безусловно, отправил бы автора на костер, как человека, с поразительной смелостью восставшего против господствующей церковной организации. Но Артемий руководствовался иными соображениями, чем личная безопасность: он выполнял свой моральный долг любви к ближнему, на деле воплощая проповедуемый им христианский идеал. Самые ранние из известных в России писем человека, судимого за убеждения, опирались на многовековую христианскую традицию и если не по форме, то по сути могли бы стать манифестом сотен тысяч будущих товарищей Артемия по несчастью.