Поэтому репрессии обрушились и на многих руководителей и активистов петроградских братств, прежде всего наиболее близкого митрополиту Александро-Невского братства. Уже 31 мая – в день ареста Владыки Вениамина в ГПУ поступил донос осведомителя: «В городе идет агитация против прогрессивного духовенства. Агитацией руководят монахи из Лавры: архимандрит Гурий, иеромонах Лев, доктор Советов (в монашестве иеромонах Пантелеимон, кажется); ответственные братчицы: Вера Николаевна Киселева, Евгения Сергеевна Миллер, Ольга Осиповна Костецкая (живут в бывшей Духовной академии). Во главе братства стоит епископ Иннокентий, главный вдохновитель последнего воззвания Вениамина (об отлучении группы прогрессивных священников)».
Ранним утром 1 июня агенты ГПУ схватили епископа Иннокентия, о. Гурия, В. Киселеву, Е. Миллер, О. Костецкую, а также наместника Лавры епископа Николая (Ярушевича). Правда, последнего через день освободили, остальных же стали усиленно допрашивать, стремясь сфабриковать дело православных братств. В связи с этим производились новые аресты. 3 июня в 4 часа утра в Лавру вновь явились агенты ГПУ и предъявили ордер на обыск и арест о. Льва (Егорова), но найти его не смогли. Это же повторилось на следующую ночь. По подозрению в укрывательстве был задержан правитель дел Духовного Собора Лавры иеромонах Иларион (Бельский), а 16 июня все-таки арестован и о. Лев.
Проведенные допросы и обыски более 40 арестованных по делу православных братств мало что дали следственным органам. Отца Льва допрашивали дважды – 27 июня и 17 августа. Как и большинство других обвиняемых он не видел ничего предосудительного и запретного в протекавшей совершенно открыто и по сути легально деятельности братств и поэтому многое рассказал о ней, но отверг какие-либо обвинения в контрреволюции.
Доказать противодействие членов братств изъятию из храмов ценностей не удалось. Практически все арестованные говорили на допросе о своей полной непричастности к сопротивлению этой акции. 26 июля 1922 года следователь Киров составил первое обвинительное заключение на 32 человека. Организация первого братства при Александро-Невской лавре в годы Гражданской войны уже объявлялась «преступлением». Голословность обвинений была очевидной. К моменту составления заключения 5 арестованных уже выпустили из Дома предварительного заключения. А 21 августа были освобождены под подписку о невыезде почти все остальные обвиняемые кроме 7 человек, в том числе о. Лев. И тем не менее ГПУ передало дело в трибунал. 24 августа дело № 1472 по обвинению 33 членов братств в контрреволюции рассмотрел следователь Петроградского губернского революционного трибунала Лютер. В вынесенном им постановлении «контрреволюционность» братчиков мотивировать и доказать не удалось.
При этом следователь был вынужден признать, «что совершенные преступные деяния по своему характеру неподсудны суду Трибунала», т. е. для организации судебного процесса попросту нет материала. Дело было отправлено обратно в ГПУ для доследования. Но и доследование не привело к желаемым для властей результатам – арестованных не рискнули вывести на суд. В результате 14 сентября 1922 года Петроградское губернское отделение ГПУ на закрытом заседании постановило выслать 7 обвиняемых из Петроградской губернии на 2 года «как политически неблагонадежных», в том числе о. Гурия, епископа Иннокентия – в Архангельскую губернию, а о. Льва – в Оренбургскую. В отношении других 26 человек дело было прекращено.
Отец Лев отбывал почти двухлетнюю ссылку сначала в Оренбургской губернии, а затем в Западно-Казахстанской области у озера Эльтон. Во время его отсутствия в Петрограде, несмотря на репрессии, деятельность Александро-Невского братства не прекращалась, а в 1925 году вновь начала оживляться. Один за другим из ссылки возвратились все три основателя братства. Первым – еще в конце 1924 года был освобожден иеромонах Лев. Но он первоначально устроиться в штат какого-либо храма не смог и до осени 1926 года служил периодически, в качестве приписного священника для совершения ранних обеден. Занимался о. Лев в то время также переплетным делом. Позднее в его лагерной карточке 1930-х годов в качестве светских специальностей были указаны: педагог, переплетчик (стаж 2 года) и счетовод (стаж 4 года).
На 1926–1928 годы пришелся новый, относительно благоприятный период существования братства. Конечно, его жизнь и деятельность официально оставалась нелегальной, но в то же время прямо не преследовалась. В октябре 1926 года о. Льва назначили настоятелем одного из крупнейших соборов северной столицы храма Феодоровской иконы Божией Матери в память 300-летия царствования Дома Романовых на Миргородской улице[78]. Постепенно туда перешла большая часть членов братства и в 1930 году два братских хора. Отец Лев также был возведен в сан архимандрита и с марта 1926 года стал исполнять обязанности благочинного, преподавателя русской литературы и члена педагогического совета Богословско-пастырского училища.