Полная трагизма и жертвенного служения история братства завершилась в начале 1932 года. Его судьба была предопределена развернутой кампанией массовых арестов священнослужителей и, прежде всего, монашествующих. Общее количество арестованных в ночь с 17 на 18 февраля составляло около 500 человек, в том числе более 40 членов Александро-Невского братства. Все арестованные в ночь с 17 на 18 февраля были разбиты на несколько отдельных следственных дел, в среднем по 50 человек в каждом. И лишь в отношении Александро-Невского братства органы ОГПУ сделали исключение, сфабриковав огромное дело почти на 100 человек. Оно подразделялось на 2 части, каждая из которых имела свое обвинительное заключение. Первое было составлено на 41 человека, арестованного в Ленинграде, а второе – на 51 человека из «филиалов» братства на периферии.
Следствие проводилось в ускоренном порядке. «Контрреволюционная деятельность» членов братства представлялась следователям очевидной без необходимости добывать какие-либо серьезные доказательства. Поэтому допросы арестованных чаще всего проводились один-два раза и лишь в исключительных случаях трижды. Отец Лев допрашивался дважды – 29 февраля и 2 марта. На вопрос о политических убеждениях он ответил: «Стараюсь не мешать строительству социализма. Не сочувствую антирелигиозной политике советской власти». Архимандрит вообще отрицал существование братства, говоря, что оно распалось в 1922 году. Отрицал он и сбор средств в Феодоровском соборе для помощи ссыльным, а также все другие обвинения.
Лишь после предъявления ему на втором допросе фотографии хора правого клироса собора он сообщил некоторые имена изображенных на ней, заявив, что остальных духовных детей назвать отказывается.
Все следствие длилось лишь около месяца, и 15 марта 1932 года начальник Полномочного Представительства ОГПУ в Ленинградском военном округе И. Запорожец утвердил обвинительное заключение на первую группу арестованных в области монашествующих, а 19 марта – на основных активистов братства в количестве 41 человека. Суть обвинительного заключения сводилась к стремлению представить братство в виде мифической контрреволюционной организации, которая якобы со времени своего создания в 1918 году непрерывно вела активную борьбу с советской властью. Открытого суда не было. 22 марта 1932 года выездная комиссия Коллегии ОГПУ вынесла подсудимым приговор – от лишения права проживания в Ленинграде и Ленинградской области на 3 года до 10 лет лагерей. К максимальному сроку наказания был приговорен и о. Лев.
Его дальнейшая подлинная судьба оставалась неизвестной до недавнего времени. Органы госбезопасности сообщили родственникам ложную информацию о смерти о. Льва 25 января 1942 года в лагере в поселке Осинники Кемеровской области от несчастного случая на шахте.
Однако на самом деле все было иначе. 18 апреля 1932 года архимандрит Лев поступил в отделение Черная речка Сибирского лагеря (Сиблага), расположенное в Кемеровской области. С конца месяца он трудился в шахте пос. Осинники под г. Новокузнецком. Работа была чрезвычайно тяжелой, и, по мнению лагерного начальства, о. Лев не проявлял требуемого усердия. Поэтому ему, как правило, отказывали в проведении регулярно практикуемых тогда «зачетов» – снижение срока за «ударный труд» без взысканий. Такие отказы последовали 25 января 1933 года «за недисциплинированность», 18 мая 1933 года – «за халатное отношение к работе» и 3 сентября 1933 года без указания причины. Лишь 12 января 1934 года срок был впервые снижен на 30 дней. Но уже через несколько дней, словно спохватившись, лагерные власти обвинили архимандрита в контрреволюционной агитации среди заключенных.
Доказательств подобной агитации в деле о. Льва нет, но 28 января 1934 года специальная комиссия ОГПУ постановила перевести его в штрафной изолятор сроком на 2 года, считая срок с момента водворения, которое произошло 20 марта 1934 года. В это же время Тройка Полномочного Представительства ОГПУ по Западно-Сибирскому краю приговорила обвиняемого к увеличению срока заключения в исправительно-трудовом лагере на 2 года.
Тяжелейшие условия пребывания в штрафном изоляторе не сломили архимандрита. Как и прежде он получал отказы в снижении срока по «зачетам» с сентября 1934 года по январь 1936 года – 6 раз. Наконец, в конце марта 1936 года о. Льва перевели из изолятора в Ахпунское отделение Сиблага (на станцию Ахпун Таштагольского района Кемеровской области).
Здесь он по-прежнему трудился в шахте, иногда по 14 часов в сутки возил вагонетки с породой, имея согласно медицинской справке того времени, «миокардит и грыжу белой линии живота».