В начале 1926 года молодые ученые Никита Мещерский и Ростислав Лобковский организовали монашеский кружок (кружок по изучению монашества) имени Иоанна Лествичника. Первоначально, до осени 1926 года его возглавлял о. Лев.
Весной 1927 года о. Лев был арестован во второй раз. В это время в Богословско-пастырском училище обучалось около 70 человек, и его популярность стала вызывать раздражение у властей. В конце апреля заведующий районным церковным столом написал городскому руководству заявления о необходимости закрыть Высшие Богословские курсы и Богословско-пастырское училище, так как они «готовят врагов советской власти». Ликвидировать эти учебные заведения в то время власти не решились, но поручили ГПУ сфабриковать «дело Богословско-пастырского училища». Аресты по нему проходили в основном в мае-июне 1927 года и серьезно затронули Александро-Невское братство.
Суть обвинения заключалась в том, что Владыки Гавриил и Григорий через педагогический совет Богословско-пастырского училища и учащихся (преимущественно из дворян) якобы организовали кружок «Ревнителей истинного православия», «на который возлагалась обязанность массового выступления при закрытии по требованию рабочих церквей, при передаче церквей другим течениям» (т. е. обновленцам) и т. п.
При обысках у некоторых учащихся и преподавателей нашли отдельные образцы религиозного самиздата того времени – седьмое письмо к друзьям М. Новоселова (от 11 мая 1923 года), антиобновленческие послания и др. Они дополнили «обвинительный материал».
Впрочем, допросы обвиняемых дали следствию немного. Архимандрит Лев, как и почти все остальные, свою вину категорически отрицал. В конце концов «дело Богословско-пастырского училища» развалилось.
19 ноября 1927 года всех арестованных освободили под подписку о невыезде, а через год – 10 ноября 1928 года дело вообще было прекращено «за недостаточностью компрометирующего материала» и взятые подписки аннулированы. Но все учебные заведения Московской патриархии к этому времени в Ленинграде (как и по всей стране) уже были закрыты.
Из хранящейся в следственном деле «Всесоюзного центра Истинного Православия» секретной переписки ОГПУ видно, что арестованные по «делу Богословско-пастырского училища» были освобождены с расчетом на то, чтобы они включились в набиравшее силу иосифлянское движение. Советскому руководству были выгодны любые новые расколы и разделения в Русской Православной Церкви, ослаблявшие ее единство.
Некоторые из освобожденных в ноябре 1927 года стали активными участниками иосифлянского движения. Но все руководители Александро-Невского братства единодушно остались верны митрополиту Сергию. Под их влиянием и практически все члены братства за редчайшим исключением не поддержали иосифлян.
С рубежа 1928–1929 годов стала нарастать волна массовых гонений и репрессий против всех течений Русской Православной Церкви. Начали закрываться и церкви при ленинградских подворьях ликвидированных монастырей, хотя официально они уже давно считались приходскими. Так, в апреле 1930 года закрыли церковь подворья Творожковского монастыря, что стало тяжелым ударом для Александро-Невского братства. Архимандрит Варлаам (Сацердотский) и архиепископ Гавриил (Воеводин) перешли служить в Феодоровский собор.
Туда же перешли и оба ранее бывших при Творожковском подворье братских хора. Регентом хора правого клироса был назначен иеромонах Серафим (Суторихин), окормлять его певчих стал настоятель собора о. Лев. Хором же левого клироса регентовала Вера Киселева, а духовным отцом певчих был архимандрит Варлаам.
На допросе 28 февраля 1923 года о. Варлаам так охарактеризовал последние годы существования братства: «После ареста Гурия Егорова и последующей его высылки руководство остатками „братства" легло на меня. Общее количество братчиц и братьев к тому времени, т. е. к 1929 г. составляло не более 50 человек… Деятельность „братства" в этот период заключалась в устройстве хоровых спевок и организации хора в Федоровском соборе. Кроме того, осуществлялась помощь высланному духовенству путем сбора денег, вещей и отправки посылок. О всей деятельности „братства" было известно Льву Егорову, который является настоятелем собора, и без его благословения в храме ничего не могло совершаться. Однако установки мои и Гурия Егорова в методах воспитания верующих отличаются от установок Льва тем, что наш с Гурием метод монашеский, Лев же Егоров, не возражая принципиально против монашества, находит возможным его существование, не уходя от современной светской жизни, то есть не меняя светского облика. С 1929 г. по настоящее время деятельность нашего „братства" в основном ни в чем не изменилась».